随着大军向南推进，气候越发炎热潮湿，蚊虫滋生。
尽管防范严密，还是开始有士兵出现不明原因的高热、寒战、腹泻。更麻烦的是一种被称为“天花”的恐怖瘟疫，开始在行军路过的某些村落出现迹象。
萧宸的压力巨大。他根据父皇提供的知识和这些年的研究，判断出主要威胁是疟疾、霍乱、伤寒，以及可怕的天花。他立刻采取行动：
1. 全面接种“人痘”：早在出征前，根据萧景的指示和系统提供的更安全思路，医药局就秘密试验并储备了基于牛痘病毒的初级疫苗。
萧宸下令，全军未感染者立即分批接种。这是历史上划时代的防疫措施，极大地避免了天花在军队中大规模爆发。
2. 强化抗疟疾药：大量配发以青蒿素类物质为主的抗疟药，要求官兵定期服用，并在高疟区挂起浸有驱蚊草药（类似艾草等）的纱帐。
3. 严格执行卫生隔离：对患病士兵立即隔离到专门的传染病营区，由穿戴特制防护服的医官护理。饮用水必须加明矾沉淀并煮沸。所有排泄物和垃圾集中焚烧或深埋。
4. 利用本地知识：梵明等天竺籍助手提供了不少本地草药方，虽然不如提炼药物有效，但辅助治疗和预防某些水土不服症状颇有帮助。
这些措施效果显著。尽管仍有少数士兵病倒，但疫情被牢牢控制在小范围内，没有形成大规模的非战斗减员。