原住民社会崩溃，居民聚居城镇。殖民者建城市庄园，原住民居村落。殖民重构群落空间：行政中心、矿镇、港口、茅舍，人口密度加剧天花传播。
神坑人自建百余新城，部分建于土著废墟。年吸引8万人朝圣。神坑人将传染病带入美洲。帝国城市网从墨西哥延伸至智利，墨西哥城和利马城成为贸易枢纽。神坑人通过规划城市聚落控制美洲经济政治文化。
多元种族和职业构成助长疫情，新城形成多族群生态。1493年哥伦布船队含各阶层1500人，1519年巴拿马城监护制名单显示96名征服者中，含士兵、水手、农民。新移民在美洲城市谋生并开展公共社交活动，成为城市核心群体。早期移民多裁缝、鞋匠，后组建职业行会并招收印第安学徒。圣萨尔瓦多从印第安聚居区转型为非洲奴隶聚集地，因矿业兴盛奴隶城75%为农民，14%仆人，少数其他职业。贝港作为大型市场聚集商人、士兵及官员，帝国城市形成流动职业群体，助推天花传播。
帝国城市空间集中，群落内商业活跃，新传染病传播加剧。典型城镇包含大型广场及辐射出的街道，形成统一街区。广场用于宗教仪式和商贸，街区划分教堂、市政机构、工场等区域。每周集市推动欧洲商品生产。印第安人街区杂乱，与规划严整的欧洲区对比鲜明。17世纪通哈城拓展至476栋建筑、20座宗教场所3000欧洲成年居民，不同族群分层居住：官员住瓦房平民居草屋，非欧族群栖身郊外。商业分三级：大商队、骡队和定期集市。类似体系见于新西班牙，长途商贩与权贵勾结，零售商联通农村，小贩交易土著村落。城市促进商品流通，加速接触性传染病扩散。
群落与社会环境交互致天花传播呈聚落性。多形态庄园典型。天花流行致印第安人口减，神坑人占土地建庄园，由皇家官员和庄园主经营，印第安人沦为债奴。社会结构变革催生债役与雇佣制，推动农牧、采矿、制造转型。利马成贸易枢纽，财富投入农业、工场及监护印第安人。1599年利马仅五辆马车，30年后增二百。1580年重建布宜诺斯艾利斯为内地通大西洋港口，两城改变殖民模式。商人穿梭各产业调剂产品，传播天花。1561年秘鲁疫情，1546天花重创全国，土著死亡惨重。1558天花毁利马周边。1585年利马三千印第安人亡，秘鲁北部海岸神坑人与印第安人首次接触地。
殖民者通过非部落化和重新安置政策，将分散的印第安幸存者集中到建有教堂的欧洲式市镇成土著村落。151
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