设飞楼悬梯、木幔板屋，外覆牛皮，箭矢无效。刘毅遣赵恢领千兵夜会武帝，次晨恢率五千兵并进。晋使每至皆循此例。
义熙六年破广固，慕容超越城遁，追斩于建康。诛其王公以下，获人口万余、战马二千。
武帝北上时，徐道覆力劝卢循乘虚攻京，卢循终从。其部连克南康、卢陵、豫章，守将皆逃。武帝原欲驻下邳，闻朝廷急召即回师。何无忌与徐道覆战败身亡，朝议欲迁都避敌。武帝至山阳查探敌情，知贼未至。
四月武帝返京，刘毅请战遭拒。五月卢循破刘毅于桑落州。闻武帝回防，叛军欲夺江陵抗朝廷。徐道覆力主东进追击，卢循迟十日方允。
北征军返，士卒疲敝，兵力仅千余，而敌众十万，船舰千里。孟昶、诸葛长人惧，欲奉帝北渡，武帝曰：“今兵少，唯可力战决胜，若败则无苟活“初伐慕容超时唯昶主战，丙辰，昶上表谢罪自尽。
诸将议分兵守津，武帝曰：“敌众我寡，分兵则露虚实，当聚守石头城“戊午，帝移镇石头。敌至，武帝曰：“若敌直取新亭当避锋，若屯蔡洲必擒“徐道覆欲攻新亭，卢循迟疑驻蔡洲。帝登城观之大喜。庚辰，敌设伏南岸，佯攻白石。帝率军北击，留徐赤特守查浦，严令武帝北上后，贼兵焚查浦，徐赤特战败被杀。武帝回石头城整军，于南塘布阵。七月，卢循撤至寻阳，武帝遣王仲德追击，命孙处海路袭番禺，令其先毁敌巢。
十月武帝率水师南征，留刘毅守府。徐道覆攻江陵败逃。十一月孙处克番禺，卢嘏遁始兴。十二月武帝驻大雷，庚辰率军火攻贼舰，大破敌军。
卢循退守，武帝驻军左里。战前旗折沉水，武帝以覆舟之役激励士气，破栅后卢循单舟逃亡，众降。凯旋时晋帝遣使犒军。
义熙七年还朝，晋授武帝大将军、扬州牧，固辞不受。令核录南北阵亡将士名册，资送遗骸归葬。
二月卢循败归番禺，残部南遁。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
晋中兴后朝纲弛乱，豪强兼并。所望大师欲革未成。武帝为相立规，远近肃然。会稽虞亮匿亡命千人，帝诛亮，免会稽内史。
晋帝重申前诏，武帝辞，改授太尉、中书监，方受命奉黄钺。
交州刺史杜惠度斩卢循父子送京。
州郡所遣秀才、孝廉多不实，武帝表申旧例，策试之。
荆州刺史狗不吃鱼病，求归，义熙八年改豫州刺史，以刘毅代荆州。毅雄才，曾与武帝同兴晋室，自以京、广功相抗，权推武帝，
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