将领刘裕讨伐，裹挟晋安帝西逃，兵败逃回江陵，遭西讨义军击败。
桓玄余党逃到后秦，后秦姚兴声称这些人把东晋的传国玺带到了后秦。而晋安帝也逃回了建康，刘裕声称皇帝把东晋的传国玺带了回来。
后来刘裕破长安灭后秦，得到了后秦说的那方传国玺，但是根据刘宋的学术人员鉴定，发现这枚玉玺是阳文，与记载的阴文不同，显然是造假。
所以真正的玉玺在第一枚与第二枚之间，并且第二枚的可能性最大。
而这三枚玉玺，根据记载，它们的最终归宿是落到了隋文帝杨坚的手里。
第一枚在南朝辗转到陈国，被隋文帝灭陈之后所得。
第二枚先在北魏手中，北魏分裂，落在西魏手里，北周灭西魏，杨坚篡北周，最后自然归了杨坚。
第三枚则很有戏剧性，刘裕灭了后秦，得到第三枚玉玺，所以东晋那个时候同时拥有了第一枚与第三枚传国玉玺。
之后东晋灭亡，两枚玉玺分别在刘宋、南齐、南梁之间流传。
侯景之乱，侯景得到了当时南梁拥有的第三枚玉玺，侯景死后，他的手下带着玉玺逃走，被北齐将领辛术获得，最后落到了北齐手中。
因此当时南北朝的格局里，北方的北齐、北周以及南方篡了南梁的陈国手里，各有一枚。
并且他们都宣称自己手里的是真的。
直到北周灭了北齐，获得了第三枚，杨坚篡北周，得了第二枚和第三枚，然后灭了南陈，自此三玺归隋。
这也是传国玉玺最有可能存在的时候。
隋朝灭亡之后，三枚玉玺当中的一枚丢失，唐朝得到了另外两块。
至于到底是哪两块，史书没有记载，五代十国的人也没有那个能力去考究。
因此万一唐朝刚好得到的是那两块假的，丢了真的也说不好。
再就是即便是隋朝末年丢失的那一块是假的，唐朝得到了一真一假，到唐朝末年传到后唐李从珂的时候，又丢失了一块。
搞不好李从珂拿的那一块是假的，真的在唐末就已经失踪。
所以如今玉玺已是扑朔迷离。
毕竟要想保证眼下出现的玉玺是真，首先得保证三个玉玺当中的确有一块是真。
然后又得保证隋朝末年丢失的那一块是假，接着再保证唐朝末年丢失的那一块是假。
最后还得保证这个真玉玺就是李从珂抱着在玄武楼自焚时埋在废墟下的那一块。
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