乎大部分官员都涉嫌贪墨，以臣刚才看了口供所知，除了兵部左侍郎徐光启与刚从知县任上调进京的兵部主事孙传庭外，皆贪墨，这无疑是窝案了，真要全部杀掉，那兵部几乎就没人了。”
“正因为是窝案，才要严办！一个部衙的人贪污腐化到这种地步，不尽诛之，其他部衙是不是也会认为只要上下其手，窜通贪墨，就不会有事？不能让其他部衙的人心存侥幸，要以儆效尤！都杀！兵部没人，就立即安排人，朕就不信天下还缺当官的人，另外，把兵部的职权得分出去一部分，权力太大了！”
朱由校咬牙说着以后就道：“既掌着天下武官考选与升降，又管着军饷调拨，还有兵事指挥，没有制衡，以致于贪污得肆无忌惮！立刻拟旨，重彰祖法，还武官考选与升降以及指挥之职能于五军都督府，五军都督府下设武选司与军机司，兵部只留车驾与武库两司，添设一财库司，负责军饷发放，另设一训练宣教司，负责兵马训练事与边防宣教！”
内阁阁臣们都没想到皇帝陛下会借此机会夺兵部之权。