靖难之变，对大明朝政治制度的影响，甚至超过了太祖朱元璋的国初肇建。
建文元年（公元1399年），燕王朱棣引用太祖《皇明祖训》中关于藩王权利的条款：“如国无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。”，以“清君侧、靖国难”为口号，起兵叛乱。三年后，谷王朱橞（HUI）打开金川门，帮助朱棣夺取了南京。朱元璋亲自指定的继承人建文皇帝或曰自杀，或曰失踪。朱棣自立为皇帝，年号永乐。此后大明的十位皇帝，全是朱棣的燕系子孙。
朱棣起兵的法律依据当然是苍白的。他没有建文密诏，也没有依制“讨平之后，收兵于营，王朝天子而还。”
本来朱棣进了南京，想抓住亲侄儿，然后逼迫他来个事后追认和禅让。哪知道建文更极端，一个火烧皇宫，让朱棣生不见人、死不见尸。这下那些不怕死的儒生们有话说了，比如蜀藩第一任世子傅方孝孺便是其中之一。方孝孺不仅拒绝起草朱棣的即位诏书，而且当众大骂朱棣为乱臣贼子，最后被恼羞成怒的朱棣灭了十族，还差点连累到蜀献王朱椿。
然而绝大多数的建文臣子还是决定继续在朱棣手下当官，为大明皇朝的稳定和谐继续尽绵薄之力。建文身死以后，太子朱标一脉只剩吴王朱允熥（TONG）、衡王朱允熞（JIAN）。两人年纪尚幼，未能就藩，很快废为庶人，禁锢凤阳高墙。如此一来，朱棣不仅以武力控制了朝局，而且他的身份优势也凸显出来。
太子朱标、秦晋两王先后故去后，朱棣便是太祖朱元璋时存年纪最大的嫡子，即嫡长子，在血统上完全有继承大明皇位的资格。太祖《皇明祖训》中规定：凡朝廷无皇子，必兄终弟及，需立嫡母所生者。庶母所生，虽长不得立。庶子的政治权利与嫡子差别极大，根本没有皇位继承权。因此朱棣在靖难起兵之时，檄文中开篇即称他自己是高后马氏之后。即位之后，他更是再三宣称马后为生母。
然而这种说法很快遭到了时人的质疑。除了个别居心叵测者的流言外，质疑的主要证据是朱棣自己送上门的。
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南京有座古刹，后毁于火灾。永乐十年，太监郑和（就是七下南洋那位）奉旨于原址重建大报恩寺。按宫阙规制，征集天下夫役工匠十余万人，耗银二百五十余万，历时十九年方才完工。大报恩寺内最有名的建筑，便是那座九级五色琉璃塔：楼高百余丈。飞檐下有金铃，塔心置篝灯。每遇风起，铃声不缀；一入暮色，光照百里。永乐御赐为“天
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