小智就冲到了洛奇亚的面前慷慨陈词，表示三圣鸟并不是因为自己的错误而造成灾难的，而是因为人类的错误陷入疯狂之中的，在此之前几百年的时间里面，三圣鸟都没有犯过错，不能够仅仅因为这一次事情，就杀了三圣鸟，应该给他们改过自新的机会。
洛奇亚一开始是完全不打算理会小智的，他打算直接将小智给打飞出去，但是关键时候，小智的身上却出现了梦幻的虚影，让洛奇亚陷入了沉思和犹豫之中。
然后洛奇亚居然直接开口，口吐人言道，他可以给小智一个机会，让小智指挥三圣鸟来和自己战斗，只要在小智的指挥下，三圣鸟能够让洛奇亚制造一个伤口，他就给三圣鸟改过自新的机会。
然后就是一场激动人心的战斗，在小智这位实力忽然莫名其妙的增加了实力的超级训练师的指挥下，三圣鸟和洛奇亚开始了一场恢弘的对战，而这场战斗自然也是全场特效拉满，每分每秒烧的都是上万美金，看的观众们嘴巴都捂住了，似乎连呼吸也都忘记了。
最后在小智的机智之下，原本充满了分歧的三圣鸟，终于紧紧的团结在一起，各自利用自己的技能配合战斗，在经过足足10多分钟（电影时长）的战斗，成功的打破了洛奇亚的护罩，在洛奇亚的眼睛边上，造成了一条伤口。
大战过后，洛奇亚履行诺言，放了三圣鸟一条生路，不过三圣鸟之后必须要相互之间互相配合，重新恢复三圣岛附近的生态平衡，让死去的水族们重新繁衍起来，弥补他们犯下的错误。
同时洛奇亚也给了小智一个芦笛，告诉他，他是它见过的最聪明也最勇敢的人类，以后他只要在海面上吹响芦笛，洛奇亚就会出现，帮助小智一次。
至此，《口袋妖怪·洛奇亚爆诞》的主要剧情，就基本结束了。