她们边哭边喊道，“这不是印加王的葬礼。我们要以印加王式的葬礼陪送印加王前往天国。”“我们要与印加王同死，要同他一起去拜见他的太阳之父。”实际上，每当印加王仙世时，都会有许多的嫔妃和奴仆要随他而死，陪他殉葬，因为他们认为这样就可以在天国里又能跟他们的大王在一起了。
教堂葬礼一直被西班牙人认为是非常神圣和严肃的仪式，见被一群印加王的妃子们闹成这样，都大为震惊和恼火。当即就有一些士兵站起来朝着那些女人们吼道，“这是基督圣地，不许胡闹。”“快快离开，不然，就把你们赶出去。”可是，那些女人一边继续放声哭着，一边向西班牙表示着愤怒与抗议。因为是他们杀害了她们的大王和夫君。
主教维森特·德巴尔维德神甫赶忙跑过来，对这群哭哭啼啼的女人们说，“阿塔瓦尔帕已经接受过基督洗礼，所以，他已经是一名基督教徒了，他必须以基督教徒的方式进行葬礼，而基督教徒的上帝是非常憎恶殉葬行为的。”说着，便让士兵们把她们给赶出了教堂。
但是，在这些女人被赶出教堂之后，仍有一些人当即就回到了住处上吊自尽了，追随着他们的君王一同去了太阳神的天堂。
阿塔瓦尔帕在临终前曾向执法者们提出要把他的遗体送往他土生土长的基多，同他的母系先祖葬在一起，但是，西班牙人并没有考虑他的这一遗愿，而是在举行完葬礼之后，立即把他的遗体送到了圣弗朗西斯科修道院旁的墓地，那里已经安葬着几位死于疾病的西班牙士兵。在那个用白石制作的十字架的旁边，早已挖好了一个墓坑，印加王的棺木被放在墓坑里。葬礼由德巴尔维德主持，皮萨罗和一些官兵也来到了墓地，在最后的祈祷时，皮萨罗一直低着头，并在士兵们开始向墓坑里填土时，忍不住地流出了眼泪。墓坑填满时，有人在他的墓地上立起了块石碑，上面刻着：胡安·德阿塔瓦尔帕之墓。他的墓铭志为：曾为印加大王，终为基督信徒。
但是，在西班牙人离开卡哈马卡后，他的遗体还是被人秘密地挖了出来，迁到了基多，同他们的母亲埋葬在一起。后来，当西班牙人攻占基多后，为了从中得到财宝，西班牙人掘开了他的墓，然而，里面既没有财宝，也没有尸首。
关于这位印加大王的后世，人们褒贬不一。据说公鸡和母鸡是西班牙人带到印加王国的。当印加人第一次见到母鸡时，就把母鸡叫作阿塔瓦尔帕，因为母鸡在印加人中被比喻为胆小如鼠。之后他们听到公鸡打鸣时，为了让这位杀尽了王室宗亲的暴君遗臭万
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