亲自来到了库斯科城，千方百计地说服阿尔马格罗率部离开库斯科城，去征服智利。之后，发生了印加王组织的有几十万印第安人参加的大起义，他的弟弟胡安上尉就死在了战火中；再后，又发生了阿尔马格罗攻打库斯科，生擒并关押了埃尔南多和贡萨洛等人。现在，他的老合伙人和老对手阿尔马格罗也被处死了，所以，他很想来到库斯科城，为他的兄弟们鼓舞一下士气，把库斯科城的政权再巩固一下。
半月之后，当要处死阿尔马格罗的消息传出之后，巴尔维德主教从库斯科赶了过来。他是弗朗西斯科·皮萨罗和阿尔马格罗的好朋友。他一见到皮萨罗就说，“埃尔南多坚持要处死阿尔马格罗，这是非法的和不可想像的。我劝他多次，可是，却不能改变他的决定。所以，我只能来找你，只有你能让埃尔南多的犯罪行为停止下来。”
皮萨罗一怔，说，“不可能吧？埃尔南多为什么要处死阿尔马格罗？这太让人不可思议和不可理解了。”
巴尔维德主教摇了摇头，说，“埃尔南多要处死阿尔马格罗这样大的事，他不可能不先请求你吧？”
皮萨罗很认真地说，“我真地不知道。”
巴尔维德主教说，“既然这样，那你就该马上前往库斯科城，立即阻止这件事的发生，把阿尔马格罗放了，并恢复这位元帅的自由。”
皮萨罗想了想，说，“我是应该这么做。”
可是，皮萨罗只是这样说，并没有马上赶往库斯科，也没有阻止埃尔南多处死阿尔马格罗。在阿尔马格罗被处死的前三天，皮萨罗侯爵才带着100多人的骑兵小队从浩哈赶往库斯科城。可是，当他到达离库斯科只有50多公里阿班凯小镇时，有人过来向他报告说阿尔马格罗已被埃尔南多处死了。
当时，他正骑在马上走在高高的山岭上，听到这消息后周围所有的人都吃惊地怔住了，拿眼睛在看着他们的总督大人。皮萨罗侯爵先是一怔，然后显出极大的震动，以致全身颤抖。他用非常愤怒的口气对旁边的秘书皮卡多说，“埃尔南多太不理智了，我一再对他说不能用这种暴力的方式对待我的老朋友和合伙人，可是，他说阿尔马格罗犯的是叛国罪，必须要处以死刑。我让他等我到了库斯科再说，可是，他却在我到达库斯科之前就把阿尔马格罗给处死了。真是将在外不听帅啊。”
说完话，他沉默良久，眼睛注视着地面，心情显得非常地激动，而且久久无法平静。还是在皮卡多和大家的劝说下，他才长长地叹了口气，说，“我一定要对埃尔南多
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