责人同他们一起登上帕奈号炮艇，该炮艇上已经挤满了外交官、记者、西方人和难民，他们正准备溯江而上，逃离金陵。
但安全区的筹建者谢绝这一邀请。
到了9日，外交官们最后一次向他们发出警告，帕奈号离开金陵，留下来的外国人只能听天由命。
出乎预料的是，12日下午，日军飞行员在没有事先预警的情况下，袭击了溯江而上的帕奈号，造成两人死亡，多人受伤，之后日本飞机的还在炮艇残骸上反复盘旋，似乎打算消灭江边芦苇丛中的幸存者。
至今没有说明为何突然会袭击美国的帕奈号，倒是日本人辩称，飞行员在激烈的战斗中丧失了冷静和判断力，加之江面迷雾弥漫，飞行员没有看清楚帕奈号上的美国国旗。
但这一说法被证实，完全是日本的诡辩之词。
因为帕奈号遭到日军飞机轰炸的时候，不仅天气晴朗，而且日军飞行员还接到了轰炸帕奈号的明确指令，甚至这条命令遭到强烈的抗议和争辩，才勉强执行该命令。
究竟是何原因，也是在后来有人推断是日本内部政治斗争，金陵大屠杀也是政治斗争的结果，那条伪造的消灭所有俘虏，随后被销毁的秘密电令就是最好的证明。
也有人说，此举是想要试探美国的反应。
总之，金陵城反而比留在帕奈号上安全不少。
第一批进入金陵安全区的难民，是那些在日军空袭中丧失家园，或住在金陵市郊，家园陷入战火，面对日军的步步紧逼，不得不弃家而逃的人。
随着第一批难民的涌入，安全区很快人满为患。
安全区负责人在创立安全区之初，预计难民人数在万人左右，当前的区域是足够使用，却没想到涌入安全区的人太多太多，多的无法估量。
许多难民连续多日只能站着，无法入水，一直到新的难民营开放。
金陵沦陷后，难民营收容人数远超过预计的数千人，达到数十万人之多。
在接下来的6周时间里，安全区国际委员会不得不想方设法为这些难民提供最基本的生活保障。
食物、住处以及医疗照顾。
委员会还要保护他们免遭人身伤害，这通常需要他们当面干预，才能阻止日本士兵实施各种威胁性活动。此外，尽管无人要求，他们还全程记录了整个事件。
仅有20多个外国人，面对5万日军的蹂躏，全力保护安全区内人数超过数10万之多的难民，这几乎是一个奇迹
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