成了一股不小的力量，不时侵扰中国沿海，造成日渐炽盛的倭患，期间日本与大明沿海地带的官兵发生了一次又一次的碰撞。
而统一了日本的足利幕府第三代将军足利义满，也想肃清南朝的残余势力，打击海上盗贼，同时也想发展与明朝的贸易，获取丰厚的利益，于是，两国恢复了关系。
明成祖时，双方建立了勘合贸易关系，明朝给予足利幕府贸易凭证，即勘合，日本方面凭勘合来中国进贡，进行贸易。
明朝发展与日本的关系，主要是为了消除倭寇对中国沿海地区的侵扰，足利幕府也积极剿捕倭寇。
在“足利义满”死后，其子“足利义持”改变政策，双方勘合贸易中断，日本也不再剿捕倭寇，“足利义满”时期稍有收敛的倭寇劫掠又在中国沿海一带蔓延开来。
其后，在“足利义教”时期，中日勘合贸易又得以恢复。成化三年，即日本应仁元年（1467）年，日本进入了战国时代，足利幕府衰弱，勘合贸易制度遭到破坏，一些守护大名为了争得与明朝贸易的权力，抢夺勘合，没有贸易勘合的大名便进行海盗活动。
明嘉靖以后，中日勘合贸易完全断绝，倭寇侵扰日益严重。明初，由于国力强盛，重视海防措施，因此倭寇未能酿成大患。
正统以后，随着明朝政治腐败，海防松弛，倭寇气焰便日益嚣张。明英宗正统四年（1439）年，倭寇侵扰浙江台州的桃渚村，杀人放火，掘坟挖墓，甚至把婴儿束在竿上，用开水浇，看着婴心啼哭，拍手叫好。
倭寇的罪行，给大明百姓带来了痛苦和灾难至嘉靖时期，随着东南沿海一带商贸经济的进一步发展，对外贸易相当发达。沿海一带个人经营的海上贸易也十分活跃。
一些海商大贾、浙闽大姓为了牟取暴利，不顾朝廷的海禁命令，和“番舶夷商”相互贩卖货物，他们成群分党，形成海上武装走私集团，有的甚至亡命海外，勾结日本各岛的倭寇，于沿海劫掠。
这些海盗商人如王直、徐海等，与倭寇勾结，使得倭患愈演愈烈，一发不可收拾。同时一些明朝官僚也与这些寇盗建立了联系。
嘉靖二十七年（1548）年，明朝派朱绔巡抚浙江，兼提督福建军务，朱绔到任后，封锁海面，击杀了通倭的李光头等九十六人。
朱绔的海禁触犯了通倭的官僚、豪富的利益，他们指使在朝的官僚攻击朱绔，结果朱绔被诬蔑被迫自杀。
从此巡视大臣不在设置，朝中朝外也不敢再提海禁之
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