北宋时期，因为几代帝王均崇尚佛教，所以净土宗念佛结社更是盛行，此时多称为白莲社或莲社。南宋绍兴年间，吴郡昆山也就是现今的江苏昆山，有僧人茅子元法名慈照者，在盛极一时的净土结社基础上，创建了新的教门，后世称之为白莲宗也即白莲教。
早期的白莲教信奉阿弥陀佛，提倡念佛持戒，规定信徒持戒不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒，号召它的信徒敬奉祖先，是一种半僧半俗的神秘团体。
白莲教义极为简单，经卷比之于传统更为通俗易懂。这也是中下层大众容易接受的原因之一，所以在李赤心得到的历史教育中，称白莲教是领导人民反抗压迫的组织。
经过长期流传，在随后的元、明两代中，白莲教曾多次组织民众起来推翻统治者。不过，元代白莲教的组织和教义都起了一些变化，组织内部也变得戒律松懈宗派林立；其中一部分教派崇奉弥勒佛，宣扬弥勒下生，这一本属弥勒净土法门的宗教谶言。
有一些教徒夜聚明散、集众滋事，还有的借机武装反抗蒙元朝廷的统治；至大元年时，朝廷忌惮白莲教的势力过大，于是下令禁止过白莲教的传播。
可是当仁宗即位后，随即恢复了白莲教的合法地位；不过好景不长，十年后英宗即位的时候，白莲教的活动又遭到了限制；正因为蒙元朝廷的反复无常，使得许多地方的白莲教众，对元朝官府抱着敌对的态度。
此外，白莲教的信徒以中下层的百姓居多。故而，当元末上层掠夺兼并加剧，社会矛盾激化的时候，一些白莲教众率先扛起了反元的旗帜。
红巾起义的领导者韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜这些人，几乎都是白莲教徒，他们以明王即阿弥陀佛出世，以及弥勒下生的谶言鼓动百姓起来抗元，由此对蒙元朝廷的统治产生了巨大的影响。
崇祯的老祖宗，明太祖朱重八名国瑞，还俗后曾取名兴宗，在参加了郭子兴红巾军后改名为朱元璋，他本人也正是白莲教众之一。
元朝末年，统治阶层的横征暴敛，加上只能用疯狂来形容的掠夺与兼并，使得活不下去的人们纷纷揭竿而起，元失其鹿，天下如郭子兴、韩山童、刘福通、徐寿辉、张士诚、陈友谅、朱元璋这些豪杰并起共逐之。
正是因为朱元璋这些豪杰起事，利用了白莲教的旗号，所以等到他坐上了皇位，还没来得及诛杀功臣，首要的一件事就是严禁白莲教。洪武、永乐年间，川、鄂、赣、鲁等地被禁教众举事，多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建
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