皇帝既然有了宸断，外廷的各种意见其实也就没有多大的意义了。只不过，建州这次战争引出的风波可没有如此轻易结束的道理。
有一件极为重大的变故尚未处理：李成梁战败一事。
这件事本来早已在京中闹得沸沸扬扬，从山东道御史韩先友弹劾李成梁杀良冒功旧事，到巡按直隶御史任养心弹劾李成梁尾大不掉、李氏子弟“环神京左右蟠据，横骄莫可摇动”，可谓是一浪高过一浪。
但申时行在王锡爵的劝说之下申救李成梁，上疏道：“今九边事情艰巨，独辽东为难；九边将官忠勇，独成梁为最。凡二十年以来无岁不战、无日不防，可谓竭尽心力矣。
至于用兵之际遇，自古难言必百胜而无一败者也。今以其血战之功为妄，以其报国之忠为欺，则将官隳心解体，任夷虏之纵横而不敢言剿；边臣亦钳口结舌，任边事之废坏而不敢参论，其为害岂浅浅哉？
今建州仍为我三路合围，虏酋兄弟插翅难飞。待全此大功，即便尽诛丑类，亦何足惜？然剿夷出塞原非李成梁一人之事，数路合围亦为李成梁之遗策，倘以一计之误、一战之失而多生支节，尽没成梁百胜之功，此则臣等之所深惜也。伏望皇上特赐体察。”
申时行堂堂元辅，亲自上疏申救李成梁，自然不是寻常量级。大明虽无宰相，但首辅仍被视为百官之长，哪怕是皇帝，寻常时候也得考虑首辅的颜面。
再加上申时行的申救颇有讲究，他根本不去讨论李成梁过去是否有杀良冒功之举，也根本懒得为李家“尾大不掉”辩解，只是单纯地回顾李成梁这二十年来的百战之功，强调偶有一败乃是人之常情，为此一败而抹杀了他半生功业，实在于心不忍。
这个说法之所以讲究，原因是他知道皇帝心里明白：
其一，这年头将领作战，尤其是对外作战之时，杀良冒功什么的其实很常见，根本不是只有李成梁一人如此做。
其二，出关作战这种事，如果一次战败就要深追旧案，将来谁还敢轻言出战？有几位将领敢保证此生必无败绩？
其三，现在李成梁所部虽败，但建州局面并未失控，三路大军之合围依然顺利，而这也是李成梁此前的谋划，怎么就能光盯着一次战败而把整场战役给忽视了呢？这全局的胜利也有他一份功劳，仅以方面之败而定罪是何道理？
其四，所谓李成梁家族尾大不掉，“环神京左右蟠据，横骄莫可摇动”之说，申时行之所以不加辩解，并非因为这是既成事实。
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