柳成龙正锋相对道：“我不是向经台建议过，说追击之后朝鲜各道官义之兵必能被朝廷统一调度，配合明军围歼敌寇，可获全胜么！”
宋应昌漠然道：“恕本部堂直言，本部堂对朝鲜军的战力毫无信心，也不想看到朝鲜军再度被倭军重创，因此这才不许追击。
至于有关倭寇请降一事，本部堂也心存疑虑，因此自是主战的，也曾上疏进言。但无论如何，如今已有旨意传下，令我入朝全军暂时只作驻守，本部堂岂能抗旨？
本部堂现在能告诉你的是，如倭军北进，我军必迎头痛击。另外，听闻此次倭寇出兵近十万之众，兵力悬殊，即便没有旨意，本部堂也不愿打这一仗，自损元气又对战局于事无补。最后，也奉劝你们放弃晋州退守新的防线，晋州失陷已是必然。”
可是柳成龙不肯放弃，态度软化下来，再劝宋应昌发兵，哪怕发一支疑兵也好。在柳成龙苦求之下，宋应昌答应布置疑兵迷惑日军。
而在朝鲜将领中，同样对晋州深感担忧的还有如郭再佑、金命元等许多人，他们也都是如此设想，即不能力拼，应放弃晋州，重新布置新的防线，毕竟朝鲜朝廷一时间也难以调动大军援救。
日军总大将宇喜多秀家召集诸将布阵，最后的安排是：宇喜多秀家亲领伊达政宗、石田三成、大谷吉继等人率兵一万八千八百布置于城东；
加藤清正领黑田长政、岛津义弘、锅岛直茂率兵两万五千六百布置于城北；
小西行长领细川忠兴、宗义智率兵两万六千一百布置于城西；
小早川隆景及立花宗茂等率兵八千七百于西北紧盯南原及忠州动向；
毛利秀元率兵一万三千六百人于东北防备尚州及善山等地的明军来援；
最后是吉川广家领一队布在江南作为策应。
日将细川忠兴因曾亲身参与第一次晋州围攻战，记忆犹新，不免有所忧虑，道：“前次晋州之战时，朝鲜百姓也都全部助阵，以致攻城十分艰难，听说最近一路陆续涌入晋州的百姓已至六万之多，若他们也都协助守城，那我们真不知要攻到何日了。”
加藤清正不满细川忠兴怯战懦弱，当即责备道：“上次晋州未能攻下，其原因不在有多少人守城，而在你们攻城无能。晋州百姓再多，但兵器终归有限，其凭借城墙倒还能有所作为，城破之后只有被屠杀的命。
我看啊，上次晋州之战就是因为你们太优柔寡断了，所以才会最终败阵，真是替你们感到丢脸。”
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