楚楚，可见朝廷的重视程度之重、应对规格之高。
在处理完这些涉案官员后，高务实再次被召入乾清宫中。朱翊钧对他的处理表示了充分肯定，同时也提醒说，离京日久，自己已经收到了不少奏疏催促回京。
高务实原本以为朱翊钧难得出京一回，应该会希望在南京多待一大段时间，甚至趁机去别处游览一番，想不到他居然主动提及回京之事，真是颇为意外。不过高务实毕竟不是佞臣，当即表示圣驾随时可以还京，内阁也会赶紧做出相应安排。
事后高务实悄悄找陈矩了解情况，陈矩似乎有些为难，最后说了几句模棱两可的话。高务实理解的意思是龙体欠安……听陈矩的描述，似乎南京的气候更容易让皇帝痛风复发。
这下破案了，南方确实比北方更容易发生痛风，发作时的痛苦程度也是南方远胜北方。朱翊钧原本就患有痛风症，在北京都不时发作，现在来了南京，那肯定是遭老罪了。
至于陈矩为什么不好明言，这倒简单——皇帝的身体情况属于高度敏感问题，原则上是不能随意泄露的。之所以还能告诉高务实一点，那也是因为高务实身为首辅，不能对皇帝的身体状况一无所知。
随着南京皇宫修缮案的调查和处理逐渐落下帷幕，在圣驾筹备北返期间，朝廷的注意力再次转向了西域的局势。刘綎统帅的军队已经在西域展开了平叛行动，而高务实也在积极筹备后勤和财政支持，确保平叛行动的顺利进行。
同时，高务实也不忘对南京的官场进行整顿，清除心学派的影响，确保实学派的主导地位。在这一过程中，他也不忘与南京的勋贵们进行沟通和协调，确保他们对朝廷的忠诚和对实学派官员大举调往南方的支持。
在高务实的努力下，南京的局势逐渐稳定下来，而西域的平叛行动也在稳步推进。朱翊钧对高务实的工作多次表示肯定，赐食也越来越多，但同时也催了一催北返的安排。
大概过了半个月，在圣驾北返的前一天，高务实上了一道疏文，名为《请广用举人以固西域疏》，全文如下：
臣高务实谨奏：
臣闻天子之于边陲，犹手足之捍头目，未有不先营治以安民者也。今西域既入版图，而叛乱时起，民心未安，此诚庙堂之所忧也。臣窃以为，兵戈之外，文治尤急，故敢昧死上言，祈陛下眷顾。
自复西域以来，皇威远播，然官吏鲜少，治理未周，此乱之所由生也。臣愚以为，欲求西域之宁，必先立治之本，而本之立，非贤吏不可。
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