巡视组和临时巡视组进驻两广、云贵，开始对各地进行整顿，同时数以百计的文官武将被捉拿，两广云贵各地都能见到抄家的兵马，大批的犯官及家眷被锁拿回京，大批的钱粮被收缴，除了一部分用于各地重建，以及新政、军改之策的消耗外，剩下的查抄钱粮全部运回了北京城，由财政部登记入库。
这场动荡只持续了一个月左右的时间，但是动静却非常之大，在刘衍的要求下，朝廷直接借此机会对两广、云贵的文官武将进行了大清洗，杀死、抄家、判刑者甚众。
同时，朝廷从北方各省，以及各地新式学校、皇明军事学院、皇明演武堂的优秀毕业生中，抽调了大量的人才进入两广和云贵为官，基本上将广东、广西、云南、贵州的官吏换了一遍。
转眼到了十月中旬，刘衍收到参谋部汇总的奏报，得知南方巡视组、临时巡视组会同各地的驻防军，对两广、云贵的文官武将进行大清洗，目前已经接近尾声。
此番共有三十八名犯官直接参与了叛乱，被公诉部判处诛杀三族的判决，还有两百九十八名犯官被判斩立决，另外有一百一十六人被判刑，七十三人被罢免。
报到朝廷的数字中，此番斩杀的犯官及家眷，还有被杀的俘虏等，一共有一万三千多人，朝廷抄家所得财物，折合银币足有两千七百余万两。
看到这些数字，刘衍心中依旧怒不可遏，就连云贵这样偏远的省份，都能从官吏家中抄出如此众多的财物，可见大明原本的吏治腐败到了何等的地步！
如果不是及时在大明各地落实新政之策，将大明官场的贪腐压缩在一个可控的程度内，天知道此时的大大明会是一个什么样子。
刘衍心中松了一口气的同时，也开始谋划接下来的福建之行了。
“郑芝龙所部必须妥善安置，整编为驻防军显然是不合适的，看来国防军的编制又要增加了！”
按照此时大明的军制，不管是装备还是军饷、补给，国防军都要优于驻防军。而且即便是同级别的军官，比如是各总兵官，国防军的总兵官也要比驻防军级别高，因为刘衍规定：所有驻防军的总兵官全都是挂将军印的，而驻防军的总兵官则是不挂印。
所以刘衍便考虑将郑芝龙部兵马整编为国防军，以优厚的待遇，将这二十多万大军调离福建。
就在刘衍思索具体细节的时候，王承恩却突然来到内阁官署宣旨。