功也赞叹不已：看来仆从军还可以多组建一些，当然前提是明军自身要实力足够才行。
这场杀戮持续了整整一个晚上，到了第二天早上，血红色的朝阳洒在了马尼拉城的城墙上，此时大批的朝鲜国、日本国仆从军开始从城内搬运尸体出来，城外已经堆积了数个“尸体堆”，由此也可以看出，昨天一昼夜马尼拉城死去了多少人！
此时郑成功在大批驻防军将士的保护下进入了马尼拉城，巡视一番之后，便来到了城内的总督府。
“将这里打扫一下，本督在出战之前曾接到朝廷的命令：此战之后，朝廷将重建吕宋都护府，到时候这里就作为都护府的所在吧。”
“是。”
随后郑成功便将自己的临时中军设立在这里，在随后的十几天时间里，郑成功命朝鲜国、日本国仆从军四处出击，开始在吕宋各地威慑臣服各部落的土人，并且搜索清剿西班牙人的残余势力。
当然，郑成功也派出了两个驻防营将士随行，以免出现意外情况。
随后葡萄牙总督布加路也赶到了马尼拉城，在与郑成功“会晤”了一个多时辰之后，二人签订了一份补充条约，将吕宋岛西南端的一处未经开发过的港湾划给了葡萄牙人。
在将来的一年时间里，作为直接收回濠镜澳，给葡萄牙人财产造成损失的赔偿，大明将在这里开辟修建一座港口，并且建设一处小型城池，以此来作为葡萄牙人在远东地区的落脚点。
不过这处后来被命名为南里港的小镇并不是葡萄牙人的领地，依旧算作是葡萄牙人向大明帝国租借的地方，葡萄牙总督每年需要向大明帝国支付七万银币的租金。
不过对于这个结果，葡萄牙总督布加路还是非常满意的，毕竟面对如此强势的大明帝国，葡萄牙人还能够在远东地区保留一个据点，并且维持了与大明帝国的良好关系，可以继续在远东地区做生意，这样的结果足以让布加路免去本土的责罚，甚至还可能在将来可以预见的欧洲动荡中，获得足够多的利益。
崇祯二十七年六月一日，郑成功留下东南都督府驻防军第六营驻守马尼拉城，并且留下一万日本国仆从军，继续对吕宋各地进行清剿及巡逻，自己则率领北洋舰队、东洋舰队，以及明军、仆从军主力出发，朝着爪哇方向杀去。