在完成新木叶的初步整顿之后，宇智波德光先是逼迫大蛇丸交出了木遁实验计划的所有技术细节资料，然后又令其设计了一套细胞特殊查克拉物质提取的实施方案。
在原三代目猿飞日斩陨落之后，警务部部队立即封锁了暗部基地、内务部基地以及火影大楼，在确认情报属实之后，警务部部队迅速杀入暗部基地，抓拿了其中的相关人员，并将一切绝密资料、秘密实验室一锅端了。
虽然当时大蛇丸因身处战后才查处的内务部基地而免遭牢狱之灾，但储存于暗部基地的资料和设备全部被警务部查封带走，可谓是血本无归。
虽然大蛇丸亦上门拜访以示投诚，但宇智波德光嘴上说得好好的，内心却半点都不信这条毒蛇说的任何一句话。
所以，虽然设置在死亡树林的内务部实验室仍然允许大蛇丸继续使用，并在资金上也继续支持了原有的研究，但实验室系统也被执掌内务部的宇智波仲玄安插进了一大堆行政人员，为大蛇丸和原有研究员提供了无微不至的“贴身保障”。
当然，绩效考核2.0版本也在内务部实验室中推行开来。
除了原有的研究课题之外，今后所有的新设立研究项目除了宇智波德光特别关照的，均需撰写计划书、进度表，还得事无巨细地编制资金预算，一整套连招把大蛇丸整得欲仙欲死。
但大蛇丸还是咬着牙坚持了下来，宇智波德光索要的木遁实验计划所有的技术细节以及失败原因都事无巨细地交代了出来，并完成了宇智波德光指定的特别课题，而且还因此重新获得了原暗部基地中的一部分实验仪器的使用权。
只不过，如果大蛇丸觉得这样就能获得宇智波德光的信任而被松开脖子上的套索，那他就大错特错了。
……
宇设立于涡之国旧土的伏波城也随着宇智波德光晋任征夷大将军、木叶总督之后而再次扩建，在再次返回幕府郡城之后，宇智波德光先是向归义三族忍军大发犒赏，作为他们选择仍然留在幕府帐下而不是要求归化加入木叶的额外补偿，并承诺未来待遇只增不减，同时亦再次暗示幕府对水之国以及雾隐的态度出来从来未曾变化，率领众人打回雾隐忍村拨乱反正仍然是征夷幕府的最高作战任务云云。
同时，宇智波德光又在原涡潮忍村以南划拨了一大片地皮作为漩涡一族的保留地，将其赐予漩涡苇名一系作为世袭罔替的封地。
漩涡一族则满怀感激之情接受了宇智波德光的封赐，非常顺畅的完成了从盟友到
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