近2500人的兵力，不过这个陆军团的军官配置及火器装备却远远超过了日本派出的这一个半师团。
带领明军这只陆军团的，正是此前济州第一步兵团少校营长齐祖光，作为从四海营中出去的军官，他对于手上这只主要从四海营抽调士兵组成的台湾第三步兵团，丝毫没有陌生感觉。而他的军衔此时也已经晋升为中校，算的上是四海营出身的佼佼者了。
不过即便是如此，在李晨芳面前，齐祖光也保持了足够的尊敬姿态。如果说此前的作战都是海军舰队说了算，那么接下来的战争指挥权便又回到了陆军手中。作为荷兰人在东南亚地区经营了十多年之久的要塞港口，从海上进攻显然不是一个好主意，这也是巴达维亚坚持不投降的底气所在。
而东协舰队中能够指挥这场陆战的，便只有军衔最高的陆军上校兼日本大阪副总督的李晨芳了。东协舰队中除了日本陆军和大明陆军这两只成建制陆军部队之外，尚有英国、西班牙、葡萄牙拼凑出来了4个营，每营约500人。
李晨芳再检阅完所有的陆军部队之后，便将英国人和葡萄牙人的两营陆军排除在了进攻巴达维亚的序列，在他眼中这两营陆军只是一些没有经过系统训练的民兵，难以使用在进攻要塞的战场之上。
9月28日，毛利胜家带着自己的联队坐船前往占领苏拉威西岛的重要港口望加锡，也就在同日，真田幸昌联队前往了东爪哇的泗水。一日后，一个西班牙营坐船前往了婆罗洲岛南面的重要港口马辰。
10月3日，东协舰队主力出现在了三宝垄外的海面。到了10月17日，巴达维亚同外界的联系已经全部被东协舰队切断。爪哇岛西侧的巽他海峡及东面的龙目海峡，也都已经被东协舰队控制。
10月20日，在荷兰人及东协之间摇摆不定的马打蓝苏丹国的素丹·阿贡*·朗桑，再听说了东协舰队的船只充斥了从泗水到三宝垄之间的海面后，终于下定决心投靠了东协这边，驱逐了巴达维亚派来拉拢他一起对抗东协的使者。
从中爪哇内陆发迹的马打蓝苏丹国，此时还算不上一个封建集权国家，而更像是一个封建领主共治的社会。王国虽然领有中、东爪哇及西爪哇的一部分土地。但是国家的核心部分却只有素丹的世袭领地克腊帕亚克、马打蓝、巴章和葛都等内陆地区，其他地区则由亲王及贵族作为领主统治着。
*·朗桑再两次进攻巴达维亚无果之后，对于夺回荷兰人占去的西爪哇地区已经失去信心了。而此时看起来比荷兰人更为强
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