后，瞿式耜和何腾蛟等人认为现在是本党主持朝政，金圣叹、吴伟业等人在这种时刻上书要求皇帝下罪己诏，把天灾和新政联系起来，显然是意有所指。
如果从轻发落金圣叹、吴伟业等人，无疑就是给天下士人发出了一个错误的信号，认为朝廷也并不是完全不认同这些人牵强附会的说法。一旦灾害继续延续下去，这种情绪就会转化为对于朝廷和皇帝的愤怒。
自我大明朝开国以来，乃至历朝历代，只要不是末世，从未听说过有皇帝犯错，而大臣们都是清白无暇的。那么任由这种民间的情绪发酵下去，皇帝固然不得不认错，而执政的新东林党也同样是要被清算的。
因此即便平日里对金圣叹、吴伟业才情颇为赞叹的瞿式耜和何腾蛟两人，此时的意见也是和崇祯一般，主张对这一事件从严从重进行惩处，以警示天下人，不要拿神鬼之说来攻击朝廷的大政方针。
不过祁彪佳、刘斯琜这些京城清流却苦苦劝说钱谦益，要挽救金圣叹、吴伟业两人，认为他们乃是读书种子，人才难得。更何况，根据天人感应之说，他们两人讲的也并不为过。陛下这些年的行事的确是有些过分，不仅处处有违伦理纲常，现在连士大夫们的体面都不给了，直接要求士大夫和平民一样纳粮服役了，这还不许别人抱怨几声么。
钱谦益一向优柔寡断，在两方人员的交替说情下，更是迟迟未能作出决定。新东林党剩下的中间派党员也因为钱谦益的软弱性子而感到失望，开始渐渐为两派所分化。于是左顺门上书事件尚未有定案，新东林党内部倒是差点因此而闹出分裂来了。
朝中官员不是加入了科学进步党就是新东林党的党员，至于剩下的那些小团体现在都已经差不多自行解散，选择两党之一加入。新东林党的内部分裂，对于科学进步党的党员们来说，就和隔岸观火一般开心，毕竟他们加入政党的目的也是为了上进，新东林党的连续执政，已经让不少科学进步党的党员们甚为眼红了。
比如温体仁看到左顺门事件的发展之后，就有些跃跃欲试了起来，他同自己的党羽唐世济、谢升商议着，想要趁机再给钱谦益放一把火，让其从首辅的位置上主动退下来。
就在这样的风雨飘摇的处境中，钱谦益终于决定听取柳如是给他的建议，大张旗鼓的查办此案，但是却一个不杀。这样既能够满足皇帝和党内强硬派的要求，却又不会太过得罪清流和江南士大夫们。
钱谦益的决定自然是引起了轩然大波，于是清流及江南士大夫的怒火迅速从皇
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