明军战舰虽然比敌人的小、慢、防护差、火力弱，但是因为准备充足，也做了很多战备和提升。
用大沙船改装的战舰发挥了作用，追击时舰艇前面甲板上的大炮还能射击，虽然没有重创敌舰，但是对敌舰上面的设施破坏不少。
因为明军的舰炮口径小，几乎伤不到对方，在战斗中不打船体，反而专门轰风帆和甲板。
炮台在上面，位置较高发挥了作用，一阵乱跑齐发，打得尼德兰人也很狼狈。
等蔡复一的广东战舰赶来，尼德兰人早已不见了踪影，已经跑回了澎湖列岛基地去了。
明军在厦门之战体会到尼德兰战舰高大坚厚的实力，尼德兰战船「前后左右俱装巨炮，一发十里，当之无不立碎「的威力。
这时新任福建巡抚南居益到任，朝廷明令福建当局配合王宏宇组织舰队，赶制战舰和舰载炮，派出小型快船随时侦测占据澎湖列岛的尼德兰海军动向。
等广东的战舰离开，尼德兰人的战舰又返回几艘封锁了漳州海口。大量商人不能出海，这些商人对「红毛鬼」恨之入骨，尤其是损失商船与货物的商人纷纷谋划报复尼德兰人。
这天有厦门的中国商人代表薜伯泉到来向尼德兰人提议；福建商人愿为尼德兰人和明朝官府斡旋谈判做牵线人。
在商人们的努力下，尼德兰人同意让司令弗朗斯率领两艘单桅帆船前往厦门谈判。
尼德兰人代表抵达厦门，由于双方信任不足，谈判在尼德兰船上进行。在达成初步协议后，明朝的三名官员上船作为人质，邀请尼德兰人派出几位船长上岸会见都督见证签署协议。
尼德兰人经过会议后决定由弗朗斯司令率领一名船长一名商务长执行这项任务，陪同上岸的约有30人。
尼德兰三名代表前往都督府会见，其它尼德兰人在岸上接受厦门官员的招待。
在宴会中厦门官员使尽了灌醉下毒等诸多手段，尼德兰代表团随即被囚禁，凌晨四时，两艘尼德兰单桅帆船便遭受到50艘火船的袭击，其中一艘被烧毁。
这只是明军和尼德兰人一系列冲突的开始。
烧毁尼德兰船只后，福建明军开始集结正式誓师出战，蔡复一派去了两艘大型战舰助战来了，福建巡抚南居益亲自浮海至金门，下令渡海出击澎湖。
攻击行动很不顺利，随后在这个月内明军再次派兵澎湖增援。几个月下来，澎湖仍未攻下来，尼德兰人仍在坚守。
当时与尼德兰人
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