虽然岛上百姓也将自己的口粮送给郑军，但是还是杯水车薪。
郑成功果断决定冒雨前行，四月初一日拂晓，郑军战船抵达鹿耳门航道。
进入岛江的两条航道中一条为南航道在一鲲身和北线尾岛之间。航道水深而宽，但敌舰防守严密，很难通过。
另一条为鹿耳门航道在北线尾岛北端，航道狭窄水浅，水中淤沙又多。尼德兰军就是在此航道上沉船堵塞的，航船只有涨潮时才能通过。因此尼德兰军没有设防。
根据潮汐，初一、十六为大潮时，水位要高出平时五六尺。郑军急于冒雨出航就是为了趁初一大潮时通过鹿耳门航道。
当天中午，潮水溢满航道，郑军顺利进入岛江。郑军出其不意进入岛江，使尼德兰殖民者措手不及，并从侧面攻入赤嵌城，切断了敌人与热遮拦要塞的联系。
同时郑成功指挥部下又很快击败了前来增援的敌军。赤嵌城的尼德兰军被切断了水源，又无外援，只好投降。
【鉴于大环境如此，
热遮拦要塞的尼德兰人还企图顽抗，郑成功在城外修筑土台，将其重重围困。
八个月后，郑军向城内发起勐攻。1662年初，尼德兰殖民者被迫在投降书上签字。
那时尼德兰人已经占据宝岛38年了，防御设施比现在多，还有一座赤嵌城南北呼应，郑成功足足打了九个月，才迫使尼德兰投降。
现在尼德兰才占据宝岛两年时间，总兵力只有1500人，新的雇佣兵还没来得及训练。现在只有热遮拦要塞。
这次可以更快击败敌人。