忍，组织人马下令捣毁了回民的清真寺，放火焚烧了回民的房屋，乘机烧杀掳掠，回民死亡近千人。
紧接着，保山官府与“香把会”勾结，对保山城内的回民进行屠杀，四千多回民几乎被屠杀殆尽。
杜文秀因在蒙化，躲过一劫，但他全家十五口在这场大屠杀中几乎全部遇难，未婚妻也被县令的儿子抢去。
杜文秀进京告状，朝廷虽派林则徐来处理，却轻轻放过，敷衍了事。而杜文秀反而因为告状，被芸南官府所记恨，将之陷害入狱。出狱后，太平天国起义爆发，随即，南王冯云山占领两广，整个满清风雨飘摇。杜文秀就此在蒙化暗自准备反清。
今年初，由于滇东的大部分州府都被讨虏军占领，原本在滇东开采铜矿的汉族官商被迫迁移，逃至滇西等地，于是，多地发生汉绅霸占回民铜矿的事情，汉回矛盾急剧恶化。汉族官绅都把持着地方的团练武装，再加上与官府本又是一体，于是，各地汉族团练焚劫回民村寨，而云贵总督恒春也密令各地“聚团杀回”。
杜文秀一看起义时机来临，加上大理清军兵力空虚，便迅速发动起义。
占领了大理城的杜文秀等回民武装，声势浩大。他自号“总统兵马大元帅”，下令废除清朝年号，用甲子纪年，改用明朝衣冠，旗帜一律用白色，建立大理大元帅府。
短短二个月时间，杜文秀回民义军便攻占大理府、丽江府、永北厅、腾越厅、永昌府、蒙化厅、顺宁府、景东厅等州府，回民义军达到30余万。而且，还在不断的增加。
芸南提督文祥来不及救援昆明城，率兵返回大理府，准备收复大理。不料，被人多势众的回民义军团团包围，被杀得惨败，鹤丽镇总兵也被击毙，只剩下芸南提督文祥率领三千余绿营兵逃回楚雄府城。
而这时，李开芳和罗琼树两人正好率领讨虏军甲二师、甲六师一起近二万余将士围攻昆明城。
城内的云贵总督恒春原本是想据城坚守，盼望着芸南提督文祥率兵来援。这时发现文祥又被回民义军击败，朝廷对整个芸南已经完全失去控制，他自知难以交差。即便坚守昆明不失，可作为云贵总督，芸南都几乎全部被占，他仍旧是死罪难逃。于是，犹如历史上一样，心理素质弱的云贵总督恒春，在忧愤和绝望中和其夫人一道，上吊自尽了。
这时剩下的最大官员便成了芸南巡抚吴振棫。
罗琼树在信中道，这个吴振棫却是六十四岁的老头了，浙茳钱塘人氏，出任芸南巡抚二年来，禁止当地
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