不肯定剪辫子的满清遗老和反复的降官全部擒获，被蛊惑而造反之人当众斩首，为首的组织者和降官则全部以五马分尸或者凌迟等酷刑予以惩处示众。
同时，讨虏军在各处乡镇张贴告示，告诫地方乡绅和归降的满清地方官员，任何想背叛帝国的，讨虏军将对其残酷打击。又公布了被镇压的十余处小型叛乱，以血淋淋的事实警醒那些蠢蠢欲动的满清遗老们，北方诸省顿时安定下来。
然后，讨虏军又组织侦查，通过特务司和百姓的告密，将几个省各地的满清遗老们，采用深夜袭击的手段，将之不断斩杀，不断剪除不利于帝国的这些不稳定因素。更采取调换地方官的措施，将顺天府的地方官员，调至正定府或顺德府，让之无法与地方乡绅勾结起来，而对地方乡绅，更是毫不容情，发现一处，便施以残酷打击。
有了这些手段，稳定了后方之后，加上山东境内的黄河洪灾已经控制下来，冯云山决定发动攻打西北的战事，收复山西、陕西和甘肃蒙古等地。
于是，在太圣二年的六月开始，陈玉成率领甲三师、何贱苟率领乙六师，经直隶攻入山西，进入大同府和朔平府等地。大同和归化绥远这一带原本是满清驻兵重镇，有满蒙旗兵数万，但后来都被在绥远称帝的奕訢全部给带去攻打热河行宫，并带到了盛京，导致原本重兵把守的山西，还不到一万的清兵，于是乎，这些连奕訢都瞧不上的清兵，一听说凶狠的讨虏军杀过来，全都不是提早归降，便是一哄而散。
讨虏军占领山西和蒙古一带的重镇绥远城之后，迅速换装，四处搜集马匹，加上缴获的满蒙骑兵的战马，竟然凑齐了一支一万余骑的马兵。
而林启荣率领乙三师和石祥祯、石镇仑两人率领的义一师也从河南攻入山西南部，双方一南一北，进入山西腹地。
而山西的以晋商为首的一帮墙头草，早就组织地方乡绅商贾，敲锣打鼓迎接讨虏军进入山西个州府县衙。
这样一来，整个山西在一个多月的时间，便迅速被讨虏军占领，而且，讨虏军几乎没受到任何反抗和攻击。