开篇的直升机编队大战无齿翼龙剧情来自于《侏罗纪公园》第一部结尾埋下的伏笔，历经磨难的主角们乘坐直升机离开时，由于恐龙岛上的基础设施严重损坏，一群无齿翼龙逃脱牢笼，飞往岛外的世界。
续集的时间线与现实并行，设置在恐龙岛事件三年之后。
三年时间，这些在现代社会天空中完全没有天敌的远古生物迅速繁衍，并且引起越来越多的注意，世界各地都出现诸如各种水怪传说一样的奇闻报道。
关于恐龙复活的消息也开始频繁地夹杂在这些报道当中。
直到续集开场，一群无齿翼龙袭击了夏威夷的一座小镇，造成严重伤亡，事情才彻底无法隐瞒，全球各国民众都走上街头要求政府公开真相，还有动物保护组织在报道公开后指责美军对无齿翼龙的屠杀。
舆论喧嚷纷纷。
大银幕上，开篇的现代科技与远古生物大战迅速将观众引入剧情，正式片头开始，伴随着主创人员字幕，通过电视播报和报纸特写等方式，大概介绍了无齿翼龙袭击事件之前三年时间关于恐龙复活的各种新闻。
正片开始于美国国会的一次非公开听证会。
接受国会质询的是恐龙岛的主人约翰·哈蒙德博士，主要向一干议员解释恐龙岛的来龙去脉。
这次听证会正是无齿翼龙袭击事件的延续。
经过调查，联邦当局已经掌握了恐龙岛存在的真相，只是对于如何处理这些被复活的远古生物出现了严重的分歧。
有人认为应该彻底摧毁，因为担心这些远古巨兽会如同侵入澳大利亚的兔子那样严重破坏地球生态，短短三年时间已经在全球各地繁衍生息的无齿翼龙就是最好的证明。还有人觉得应该保留，这不仅是人类科技创造的奇迹，复活之后的远古生物还能够给人类社会的方方面面带来积极影响。
当然，普通人注意不到的黑暗角落，还有人看到了巨大的商机。
听证会现场的镜头并不多，结束这次听证，哈蒙德博士与相熟的一位议员阿德里安·兰特瑞一起离开国会大厦，两人言语间的信息透露联邦政府对于恐龙岛的处理意见还没有彻底敲定，议员先生表示可以帮忙说项，前提是他必须亲自去恐龙岛对一些事情进行确认。
哈蒙德博士同意下来。
两人分别，哈蒙德上车之前被拦住，一位自称伯克逊集团代表的中年人表示希望能够买下恐龙岛，毫无意外地遭到拒绝。
恐龙岛是哈蒙德博士一生的
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