德·马扎里戈斯领导的部队镇压下去。
恰帕斯州殖民地时期发生了多次叛乱，历史学家强调了“1712年策尔塔尔起义”，甚至将其称为“坎库克共和国”或者“策尔塔尔共和国”。
原住民和殖民者之间敌对关系在1711年进入了新一轮的危机，原住民的抗争，挪用了天主教的圣母形象。在圣玛丽亚的左齐尔社区，据说“具有原住民特征的圣母”通过木凋向两名左齐尔村民显现，此事在邻近的社区中引起了骚动，宗教裁判所赶紧没收了这个木凋。
此外，政府的苛刻税收制度，以及主教收取的巨额佣金，加剧了社会的不满，导致成千上万的印第安人反叛新西班牙当局。
此时，圣母的身影再次出现，这次是坎库克社区的一名村民看到圣母显灵，这被起义军解释为新的信息，起义军为了保护这位“与圣母沟通的媒介”，组建了“圣女兵团”，汇集了32个策尔塔尔人、左齐尔人和乔尔人社区，队伍中有三千名民兵。
圣女兵团通过半秘密的宗教活动来招募支持者，从而使原住民坚持自己的组织结构，也保持了与王室相对独立的特性。
后来，在西班牙人的挑拨离间下，族裔间的冲突、领导人被收编，以及新西班牙军队的残酷打击，结束了“坎库克共和国”。
1727年，西班牙人逮捕了起义的肇事者及其子女，不使叛乱的种子逍遥法外。殖民者为了让起义者记忆中保留失败的印记，报复西班牙人被杀，并割下所有起义者的同谋者一只耳朵。
整个19世纪和20世纪，玛雅原住民的抵抗时而公开，时而隐蔽，但始终存在。该地区的原住民和整个美洲大陆的原住民一样，经历了浩劫，大部分人口被灭绝，是为人类历史上最大的种族灭绝。
但是，无论是通过加入独立军的行列，还是通过在革命期间加入萨帕塔领导下的南方解x军，恰帕斯的原住民仍然积极参与了墨西哥建国伟业。
拉丁美洲的原住民，特别是恰帕斯原住民，在长期殖民战争中，并没有丢失自己的身份认同。社会清洗与种族灭绝政策，却加强了原住民的社会凝聚力和集体意识。
值得一提的是，征服、殖民主义和新殖民主义的战争在文化和意识形态层面上大致是失败的，其无法把西方理性作为唯一的思维方式，或者将天主教作为唯一的精神表达方式，强加给原住民。
二次大战后，为了加强天主教会，教皇约翰二十三世召开了第二次梵蒂冈会议，在1962年至1965
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