后，什么都没有说痛快去上任的原因。至少这位当年二野的头等主力军的军长，能够听得进去下属的不同意见，包容性是很强的。在指挥上，也更加沉着和老练。在这样的上司指挥之下作战，对于李子元来说也是一个好事。
在李子元到任后，先后参与组织了抗登陆演习，以及防卫区所属负责黄渤海交界处，守备的要塞区组建，并兼任要塞区第一任司令员。在防卫区改称警备区之后，又相继担任警备区副司令员兼要塞区司令员，警备区代司令员、司令员。
在军事学院学习期间，李子元参加了军委组织的第一次授衔活动。他以军长的职务，被授予少将军衔。在同期授衔的少将中，此时三十四岁的李子元，与另外一位与他同龄的军长，成为全军最年轻的少将。
实际上李子元比那位军长，年纪还小了几个月。按照这个来说，李子元实际上是最年轻的开国将军。而对于自己这个少将军衔，李子元并没有什么不满意的地方。以自己的资历，少将军衔已经是足矣。
佩戴着少将军衔的李子元，在南京军事学院渡过了最平静的一段时光，期间刘翠又陆续给他生育了两男一女三个子女。虽说家里面又添了几个孩子，但刘翠一直拿宝宝当成亲生女儿一样对待。宝宝甚至一直到结婚前都不知道，刘翠并不是她的亲生母亲。
而李子元在中国这座最北方的海港城市，从警备区副司令员一直做到司令员。后调任华北一个大军区担任第一副司令员，七十年代末奉调进京担任总参副总长。后又被总设计师钦点担任海军司令员，一直做到了军委副主席才离休。
八八年二次授衔的时候，时任军委副主席的李子元，被授予上将军衔。也是五五年授衔将军中，不多的在八八年被二次授予军衔的干部。原本这个时候，李子元已经几次打了离休报告。但在时任军委主席的要求之下，还是只能继续老骥伏枥一段时间。
相对于从来不参与政治运动，在建国后历次政治运动中，都没有受到太大冲击的李子元。这方面更加沉稳的何三亮走的也一样很平稳，先后担任军参谋长、东南某省军区副司令员，某军级要塞区司令员、兵种副司令员的开国大校何三亮，也没有搅合到任何政治漩涡之中。
至于他的姐夫，授衔时候被授予中将军衔的王诚，则在五十年代担任西南军区改编的某大军区副司令。在这个副司令的位置上，一直干到了七十年代初，才调任某兵种政委。李子筠则先在军医大教书，后来调任解放军总医院工作。夫妻两个，也基本上没有受到冲击
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