时间一晃又是三年过去了。
这三年里发生了很多事情。
十五年前发生核泄漏的雀路罗市，内部的辐射已经被净化一空。
这并不是在这里建立了基地的【帝王组织】的功劳，而是当年引起了雀路罗市核泄漏的那只大型史前辐射生物将所有的辐射能量吸收一光，然后化为覆盖在反应堆的蛹！
雀路罗市的该基地发生了几次地震和停电，反应堆上的蛹里面，一只巨兽直接孵化逃出，并大肆破坏基地，最后张开翅膀飞至天际。
海军上将威廉·史坦兹将巨兽定名为【大型未知陆上生物】，简称【穆托】！
【穆托】摧毁一艘俄军核潜艇，将其带到夏威夷檀香山岛上进食核弹。
它的存在引出海底的【哥斯拉】，其因为体形庞大而造成海啸，海边一带被淹没后，哥斯拉上岸和【穆托】正面交锋，【穆托】在势单力薄下飞行逃跑，【哥斯拉】则立刻回到海里追随。
而这时，另一只体形更为庞大的雌性【穆托】也从蛹中孵化，它在十五年前的菲律宾寻获，被美国军方回收并封存在内华达尤卡山核废料处置库中，吸收了大量辐射后，终于孵化，破壳逃出，踩碎拉斯维加斯后往旧金山湾前进。
史坦兹等军方决定实施靠一颗核弹做诱饵，运至海上引爆以杀死所有怪兽——包括【哥斯拉】、【穆托】的方案。
但这颗核弹在半路就被雄性【穆托】劫走，与到达城市的雌性【穆托】会合后，在唐人街挖地下洞建立巢穴。
【哥斯拉】穿过金门大桥赶到城市，和两只【穆托】正面交锋。
而趁着泰坦怪兽战斗，人类潜入【穆托】的巢穴，运走了核弹，并将整个巢穴浇油放火炸毁。
【哥斯拉】在战斗中成功杀死雄【穆托】，而雌【穆托】发现它的卵都被烧死后，愤怒地歼灭驻守码头的突击队。
【哥斯拉】用【原子吐息】喷进雌【穆托】的体内而将它烧断头至死，获胜后也因力尽而倒在城市里。
军方到旧金山开始搜救幸存者时，倒下的【哥斯拉】深吸一口气后再度站起来，在市民的注视下回到海里销声匿迹。
只是【哥斯拉】虽然回到了深海，回到了地心世界，但是它在人类世界造成的影响，却是极其深远的。
整个世界，都知道了【哥斯拉】这类史前泰坦巨兽的存在！
他们在各个角落，各个时间里讨论着这些泰坦巨兽，讨论它们存在的意义，讨论它们
…。。