底否定，并认为瘟疫就是由漂浮在空气的细小颗粒组成的疠气导致，从而提出一系列阻止瘟疫传播途径的方法。
众所周知，疫病虽然因其病毒的抗原特异性很强而很难短时间治愈，但一旦能控制住了其传播途径和传染源就能很好的控制住疫病的传染。
吴有性的理论突破就是给大明给了最实际也是最易操作的一个瘟疫控制方法，也给后世一个最有效的瘟疫控制方法，其发明的药方即便是后世闹非典时都还能发挥出很大的价值，不得不承认若是大明能很好的将这样的人才利用起来并通过政府的组织力去对抗疫病，没准也还能再坚挺几年。
汉有张仲景的《金匮要略》，唐有孙思邈的《千金方》，宋有宋慈的解剖，明有吴有性的《瘟疫论》，可以说，整个华夏在医学上就没有落后过，在几千年的历史长河中，所积累的医学理论和人才并不少，而现在需要的是则是通过朝廷将这些散漫的医学积淀和人才统合起来，形成一个可以随时应对各类大型疫病的体系。
但一个可以应对大规模疫病的医疗组织体系却也不是一朝一夕能建立起来的，一家医院的背后肯定得有一所医科院校和他配属的医学科研机构以及政府应有的公共卫生服务体系和管理体系。
但一般而言，第一步都是先有一家医院。
顾三麻子现在被抬进京城后入住的就是大明第一家公共医院，即皇家第一医院，朱由校直接成立了卫生部，吴又可担任卫生部尚书并兼任了这所医馆的正卿之职，也就是说，这家医馆即便是同大理寺和光禄寺等一样的正三品级别。