了几月的海洋知识，此次来北海舰队更是抱着来学习与熟悉的姿态来的，所以其态度显得很谦卑和诚恳，覃博桐和黑娃等一干北海舰队的军官们也就没有对他产生太强烈的反感。
等到杨嗣昌和徐光启按照朱由校的旨意视察玩大明船政局和扩充后的北海舰队，并同内阁大学士李明睿也回到京城后，朱由校便开始了筹备对北海舰队的重新改编的工作。
按照朱由校的意思，大明朝廷将不会再顾忌他郑氏海盗，直接建立大明皇家禁卫海军，舰队直接扩编为三个舰队，即北海舰队、东海舰队、南海舰队。
而伤愈后的顾三麻子则被直接受命为南海舰队总兵官，且第一个任务就是带着自己的舰队直接南下，并路过郑氏海盗的控制区到达珠江领域，并协助两广总督商周祚重新管理澳门。
按照朱由校的意思，不能让澳门就这么稀里糊涂的成了西洋番的自由地。