潜伏期包括整个红外期和红内期的第一个繁殖周期。
一般间日疟、卵形疟14天，恶性疟12天，三日疟30天。
感染原虫量、株的不一，人体免疫力的差异，感染方式的不同均可造成不同的潜伏期。
温带地区有所谓长潜伏期虫株，可长达8～14个月。输血感染潜伏期7～10天。
胎传疟疾，潜伏期就更短。
有一定免疫力的人或服过预防药的人，潜伏期可延长。
2.发冷期
畏寒，先为四肢末端发凉，迅觉背部、全身发冷。
皮肤起鸡皮疙瘩，口唇，指甲发绀，颜面苍白，全身肌肉关节酸痛。
进而全身发抖，牙齿打战，有的人盖几床被子不能制止，持续约10分钟，乃至一小时许，寒战自然停止，体温上升。
此期患者常有重病感。
3.发热期
冷感消失以后，面色转红，发绀消失，体温迅速上升，通常发冷越显著，则体温就愈高，可达40℃以上。
高热患者痛苦难忍。
有的辗转不安，痛吟不止；有的谵妄，撮空，甚至抽搐或不省人事；有的剧烈头痛、顽固呕吐。
患者面赤、气促；结膜充血；皮灼热而干燥；脉洪而速；尿短而色深。
多诉说心悸，口渴，欲冷饮。
持续2～6小时，个别达10余小时。
发作数次后唇鼻常见疱疹。
4.出汗期
高热后期，颜面手心微汗，随后遍及全身，大汗淋漓，衣服湿透，2～3小时体温降低，常至35.5℃。
患者感觉舒适，但十分困倦，常安然入睡。
一觉醒来，精神轻快，食欲恢复，又可照常工作。
此刻进入间歇期。