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第六款、北圻与中国之云南、广西、广东各省陆路通商章程，应于此约画押后三个月内，两国派员会议，另定条款，附在本约之后。所运货物进出云南、广西边界，应纳各税，照现在通商税则较减。惟由陆路运过北圻及广东边界者，不得照此减轻税则纳税；其减轻税则亦与现在通商各口无涉。其贩运枪.炮、军械、军.火等，应各照两国界内所行之章程办理。至洋药进口、出口一事，应于通商章程内定一专条。其中，越海路通商，亦应议定专条，此条未定之先，仍照现章办理。
第七款、中法现立此约，其意系为邻邦益敦和睦，推广互市，现欲善体此意，由法国在北圻一带开辟道路，鼓励建设铁路。彼此言明，日后若中国酌拟创造铁路时，中国自向法国业此之人商办；其招募人工，法国无不尽力襄助。惟彼此言明，不得视此条系为法国一国独受之利益。
第八款、此次所订之条约内所载之通商各款，以及将订各项章程，应俟换约后十年之欺满，方可续修。若期将满六个月以前，议约之两国彼此不预先将拟欲修约之意声明，则通商各条约、章程仍应遵照行之，以十年为期，以后仿此。
第九款、此约一经彼此画押，法军立即奉命退出基隆，并除去在海面搜查等事。画押后一个月内，法兵必当从台湾、澎湖全行退尽。
第十款、中法两国前立各条约、章程，除由现议更张外，其余仍应一体遵守。至此次条约，现由大清国大皇帝批准及大法国大伯理天徳玺批准后，即在中国京都互换。
慈禧太后审阅条款，喜中带忧，曰：约款第九条，甚慰人心，北圻虽舍，澎湖、基隆不日即归；和局虽定，此仇何能一日忘记！上年法人寻衅，叠次开仗，陆路各军屡获大胜，尚能张我军威，当时如果水师得力，互相应援，何至处处牵制。当此事定之时，惩前毖后，自以大治水师为主。著沿海各督抚将军及南北洋各口大臣，各抒所见，确切筹议，迅速具奏。