敌，据金山（今内蒙古哲里木盟东境西辽河南岸）一带屯兵蓄锐，待机南下，从东北方面构成对明的威胁。洪武二十年（1387）正月，蓝玉为右副将军，和大将军冯胜、左副将军傅友德率兵出击。根据朱元璋授意，大军先驻通州，探明纳哈出虚实后再作行动。驻通州后，探知庆州（治所在今辽宁巴林右旗西北察罕木伦河源之白塔子）有纳哈出部驻守，蓝玉率轻骑冒大雪奇袭，取得胜利。明大军出长城松亭关，筑大宁、宽河、会州、富峪四城，驻兵大宁，储草备粮，准备进击金山。夏六月，冯胜留兵五万守大宁，率大军直趋前进，一路胜利，到达金山之西。与此同时，明派去劝降的人也见到纳哈出，说明朝廷厚意。纳哈出见久战必败，派人到大将军冯胜处请降，冯胜派蓝玉前往受降。蓝玉设酒宴款待纳哈出。纳哈出斟酒谢蓝玉。蓝玉不喝，一定让纳哈出先穿上他的衣服，才喝纳哈出斟的酒，意思是纳哈出必须先降明称臣。纳哈出不肯，双方争执不下，形成僵局。纳哈出将酒浇在地上，和随从密语几句，想走。在场的有人明白纳哈出话的意思，告诉常茂（常遇春子，冯胜婿，蓝玉外甥），常茂急上前阻拦，将纳哈出砍伤。纳哈出被拥至冯胜处，冯胜虽然待之以礼，但纳哈出部众闻纳哈出被伤，四处惊散，冯胜派人花了很大气力才将其大部收服。回军路上，明军遭藏匿起来的纳哈出余众伏击，损失惨重，三千殿后骑兵全部覆没。冯胜让常茂承担这个责任，到朱元璋面前去说明。常茂说明了情况，朱元璋说：“如尔言，胜亦不得无罪”，收回了冯胜的总兵印，命蓝玉行总兵官事，不久又在军中拜蓝玉为大将军，蓝玉成为明战时统兵的最高将领。
纳哈出随冯胜等一起南来，被封为海西侯。元残余势力从东北方面对明的威胁从此消除，且为明向白山黑水一带开拓廓清了道路。
扩廓帖木儿死后，纳哈出降，北元势力虽经明军打击，一再失利，但败而未灭，仍然构成对明的威胁。击败纳哈出的当年，蓝玉为大将军，率兵征讨，给北元进一步打击。冬十一月蓝玉报告：“元丞相哈剌章、乃儿不花遁入和林，乞进步剿灭。”朱元璋同意了蓝玉的计划。
洪武二十一年（1388）夏四月，蓝玉率兵出发，自大宁进至庆州，闻元主脱古思帖木儿在捕鱼儿海（今贝尔湖），抄近路兼程而进。行至百眼井处，距捕鱼儿海还有四十里，侦察不到元军行迹，蓝玉想引兵退还。部将王弼不同意，说我们领兵十万，深入漠北，未见到敌人就回师，如何向上交待。蓝玉同意王弼的意见，命诸军继续前进，并采用王
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