江南巡抚权利很大，负责整个南直隶长江南岸的十府之地，历来被称为天下巡抚之首。
朱元璋在南京起家，占领南京后，在龙凤十年置中书省，元朝的江南行省所辖各府县直属中书省，俗称直隶。洪武元年称帝后废元代的中书省，南京周围府县划归六部管辖。洪武二年定临濠府为中都，将江北淮安、扬州、凤阳等府县也划归直隶，这样直隶的辖区基本成型，江南江北一共十四个府四个直隶州。
元末明初经过大规模的战争，南京周围人口稀少，可是南京这地方地杰人灵，到了洪武末期，南直隶经济繁荣，赋税居全国之冠。
这时候老朱多疑的毛病又犯了，这么大的地方交给六部直隶，实在不放心。所以老朱在深思熟虑后将整个南直隶分为两个布政使司，为左右布政使，后来还不放心又设副，所以南直隶这里就形成了四个布政使，两正两副的局面。
左布政使管辖江南十府一直隶州，驻地在应天，也就是南京。右布政使管辖江北四府三直隶州，驻地在扬州，明代后期改为凤阳。
这个南直隶左布政使就是江南巡抚的前身，在永乐年间设立巡抚这个官职后，朝廷在左布政使之上设立应天巡抚，职权也是管理江南的十府一州。后来吗，名称多有变动，什么苏松巡抚、苏州巡抚、南畿巡抚等等，虽然管辖府县有所变动，但是基本上职权都差不多。
朱伦奎这次任命祁彪佳为江南巡抚，挂的衔为兵部尚书，这可不是无的放矢，也是有深意的。巡抚作为中央巡视员编制在中央，一般都挂有六部侍郎的虚衔，用来保证权威。
可是这次给祁彪佳正二品的兵部尚书含义很深，马铖虽然是督师，按照朝廷官制要比巡抚大上两级，妥妥的正一品。可是要命的是马铖没有官身，连最基本的秀才身份都没有，这样自然不可能挂文官衔，所以马铖官职的全称是镇国贵阳侯、中军大都督、经略江南各省军务。
马铖没有文职，但是人家祁彪佳可是实打实的兵部尚书，虽然马铖的军中职务高过祁彪佳，但是人家兵部尚书该管你马铖，这样在军中就形成了两个互相不统属的头，也全了朱伦奎扯马铖后腿的愿望。
不过朱伦奎安排的巧妙，但是马铖并没放到心上，现在他势力已成，那里是朱伦奎派一个文官就能分夺权利的？更不要说祁彪佳还是马铖的手下败将。
马铖虽然不在乎，可是王显却有些自责，他原本的意思将祁彪佳给朝廷，让朝廷来背杀害文臣这个罪名，但是没想到人家钱谦益手段高超，
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