别编一万零八百名正卒。
左右军除直辖一支骑兵都编一千二百名骑兵外，下辖三支步军旅。
步军旅以都虞候为主将，每旅编三千二百名正卒，除了侍卫营编两百名骑兵外，每旅辖三都。
每都编一千名正卒，以虞候为主将，每都下辖三营。
每营编四百正卒，以营指挥为主将。
如此一来，韩谦便能以旅为军事单位，负责范围较大的防区。
左军以林海峥为都指挥使，冯宣为副都指挥使，周处、赵启、谭修群为都虞候，分别驻守滁城、棠邑以及石泉，负责东线防御，右军以田城为都指挥，孔熙荣为副都指挥使，何柳锋、苏烈、窦荣为都虞侯，分别驻守乌金岭、巢州城以及位于巢州城往西五十里外、紫篷山西麓的金牛寨。
水军以杨钦为都指挥使、林宗靖、冯璋为左右都虞候，共编四千八百名正卒。
除此之外，编侍卫骑军三千六百名正卒，以赵无忌为都虞候、韩东虎、肖大虎为副都虞候，驻守东湖。
如此一来，棠邑行营制置军将三万名正卒兵额用完，也是棠邑行营制置府的野战主力；此外还编有两万名辎重屯营兵，一部分编给主力军充当辅兵，一部分分配到诸县，维持日常治安及内线的城寨防守。
制置使府的军事后勤及军令颁布、军纪赏功、兵籍征募乃至军事情报搜集分析，都纳入军情参谋司管理，高绍以副都指挥使统领军情参谋司，郭却、奚发儿任都虞候分掌其事。
制置使府另设都政司，以长史冯缭为首，负责辖区民政事务；设相当于使府办公处的都厅司，以主簿郭荣为首。
新置的淮阳县（乌金岭）、巢州城、滁州城、棠邑、石泉诸县，处于棠邑防区的外围，都驻有重兵，民政事务以及以正卒半数配比的辎重屯营兵马的管辖，都由驻军主将兼任。
武寿、亭山、浦阳、东湖、历阳以及新置的龙潭等县，成为棠邑防区的内线腹地，以高宝、韩成蒙、陈致庸、赵际成等人出任县令。
工师学堂、讲武学堂、医学馆合并为历阳学堂，韩谦亲自担任学堂山长，但以陈济堂出任副山长，主持日务事务。
袁国维这次到任，韩谦决定将军纪赏功等事从军情参谋司独立出来，单独成立司军监，使袁国维执掌，实际使得监军制度真正落实下来，而非是叫袁国维到棠邑仅仅作为一个名不符实的“朝廷眼线”。
虽说东湖新城又经过一年的建设，已初见规模，但衙司建筑都还颇为简陋，
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