索伦部和满清的战争就此开始。
皇太极征讨索伦部，调集八旗向北进军。
早就有准备的索伦部首领博穆博果并不和八旗正面作战，他很清楚正面交战索伦部没有赢的可能，所以博穆博果把族中老少全部继续往北迁移，一直撤到更北边的黑龙江以北甚至雅克萨地区。
作为部落首领的博穆博果带着部众在黑龙江以南和满清八旗进行游击战，前后打了几场，虽索伦部战斗力强悍，给八旗带来了些损失，可八旗毕竟人数众多再加上战术的配合，依旧逼的索伦部活动范围不断压缩，最终无奈只能放弃黑龙江以南区域，撤到了北岸。
第一次征讨，皇太极没能拿下索伦部，但却也达到了初步目的，至少逼的索伦部放弃了原本生存的地方，向被撤到了更为苦寒的区域。
同时，皇太极对黑龙江以南进行扫荡，把索伦三部来不及北撤的索伦人俘虏了不少，这些人全部南迁直接并入八旗。此外，捕捉山林中的野女真也是皇太极的主要目的，八旗人丁不足的情况从来就没彻底改变过，野女真能够让八旗的人丁得到补充，这也是满清一直在做的事，这一次讨伐索伦部除去压服索伦人外，捕获大量野女真同样非常重要。
就当皇太极在北方扫荡的同时，大明那边原本回乡养病的袁崇焕已到达了京师。
崇祯皇帝继位后，很快就解决了魏忠贤和阉党问题，除去魏忠贤之后，崇祯皇帝不得不考虑辽东的问题，而袁崇焕在崇祯皇帝登基之前就称病去职，卸任了辽东经略一职收拾行李离开辽东，返回老家“养病”。
袁崇焕一走，辽东经略缺人，朝廷当时还是魏忠贤把持，就让辽东巡抚王之臣来暂代经略一职。
不过王之臣在这个位置上并没坐太久，由于王之臣是魏忠贤夹带中的人，崇祯皇帝自然不可能用他，魏忠贤垮台后王之臣自然就失去了靠山，再加上王之臣接替袁崇焕后辽东战事很是不利，很快大明和满清就爆发了锦杏之战，此战明军其实损失不大，可之后王之臣却命令明军主动放弃锦州、杏山、塔山、右屯等地，消息传来后，令崇祯皇帝闻讯大怒，本就打算收拾王之臣的崇祯皇帝直接就罢了他的官职，并让人押送至京师问罪。
王之臣下台后，接替辽东巡抚的是毕自肃。
毕自肃此人曾经是袁崇焕的下属，袁崇焕当年担任辽东巡抚之前的职务是宁前兵备道，而那时候毕自肃是宁前兵备道参议，从这点来说毕自肃就是袁崇焕的参谋长，并且参与了当年宁远之战。
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