来，袁崇焕明显感觉到其他辽东军将已不像以前那样对自己惟命是从，似乎都有了小心思。这让袁崇焕极为不悦，更让他心生警惕。
作为蓟辽督师，袁崇焕现在在辽东是军政一把抓，根本不允许有这样的情况发生。所以袁崇焕在处理完哗变之事后，果断出手抓了吴国琦。
吴国琦这人是他手下参将彭簪古的中军，从祖大乐那边得知，自己离开辽东后彭簪古等高级军官就私下串联，撇开自己形成了原本利益团体之外的小团体，有自立的迹象。
这一次哗变如此轻易爆发，除了欠饷之外，这些高级军官的坐视不理甚至暗中推动也是另一个原因，而巡抚毕自肃自杀，除去愤慨外同样也是他们所逼迫，这件事中吴国琦是他们的狗头军师，私下干了不少勾当。
拿下吴国琦，袁崇焕二话不说就动用尚方宝剑处死了此人，用血淋淋的人头来震慑众人。接着，袁崇焕又处罚了彭簪古及车左营加衔都司王家楫、车右营加衔都司左良玉、文标营司佥书李国辅四人。杨正朝、张思顺免死发前锋立功。此外，以贪酷激变的推官苏涵淳、通判张世荣被降职。
这一套组合拳下来，众人顿时收起了各自小心思，对袁崇焕惟命是从再也不敢搞鬼，袁崇焕这才彻底收回了所有军政大权。