拿下锦州，可后院起火尤其是正蓝旗反叛的情况发生，皇太极必须要做出选择了。
最终，皇太极带兵猛攻了锦州城几日，试探看看能不能打破锦州城。可惜祖大寿在锦州守的严实，尤其是祖大寿已经得到了友军在辽东后方的战绩信息，再加上宣大、蓟州援兵已抵达辽东的消息后，祖大寿的部队虽缺少粮食，但还未达到真正断粮的程度，军士们眼看着解围有望，上下士气高昂，借城池和火器之利坚守锦州，让皇太极在锦州城下损兵折将，却依旧没能拿下锦州。
看着眼前高大的锦州城，还有依旧飘扬在城头的明军战旗，皇太极心中很不是滋味。
“传朕命令！撤军！”撤军这两个字艰难地从皇太极的嘴中说出，下完命令后，皇太极抿着嘴继续看着不远的锦州城，脸色极其难看。
第二日，当锦州城的守军发现城外的清军一夜间突然就不见踪影了，连忙汇报祖大寿这个情况。
得知消息的祖大寿亲自登上城头查看，看完后压抑着内心的激动，又派人出城探查了一下，半日后，等出城的斥候来报，说外围的清军的确已全部撤军，没再见到敌人踪迹的时候，守了半年多的祖大寿这才终于把心放到了肚子里，当即忍不住哈哈大笑起来，可笑着笑着，又不由得落下了眼泪。
皇太极撤军后没有马上全部快速撤回，而是分出一半兵力意图引诱祖大寿的部队尾随，打算来个回马枪，击破明军出口恶气。但没想祖大寿这家伙是属乌龟的，就算已证明了皇太极部队已经撤军，却依旧小心翼翼，除了只派斥候查探外，其主力继续守在锦州城内，等待宁远方向的援军抵达。
祖大寿的举动让皇太极彻底没了想法，等了两日后见面明军无懈可击只好把所有部队全撤了回去。而同时，宁远方向的援军也抵达了锦州，锦州之战就此结束，虽然在这战中祖大寿和他的部队吃了不少苦，还差一点就丢了锦州，可毕竟最后的结果是好的，锦州依旧在明军手里，依旧守住了。
带兵返回后的皇太极沮丧之下又是愤怒，他愤怒的不是因为明军在自己后方的游击战和袭扰战，互为敌手，采取这样的战术并不为过，当年毛文龙在皮岛的时候不也这样？每次老汗领兵去打辽军的时候，毛文龙都会从皮岛出兵骚扰其后方，让当时的后金上下苦不堪言。而现在明军故伎重演，如换成他皇太极同样会这样做。
打仗没问题，尔你我诈各使手段就行，甚至皇太极对偷袭自己后方的郑鸿逵和李佑颇为欣赏，这两人凭着一支水师和区区两千余兵力就能
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