经验，李明牢牢的将军政大权掌握在自己手中。不是他不相信眼前这些人，而是害怕以后自己的队伍扩大之后，人员良莠不齐，到时候没有政党的约束很难控制，所以他必须要未雨绸缪。
另外，非常方便的，李明便照搬了当年**的所有做法，让所有部门的领导者都成了医神教的头领，实行了党员负责制，同时，在军队各级中设立政治委员，用以制约领兵的大将，甚至连一个小队中都要有一个医神教的头目，用以监视领导自己小队的队员。
然后，李明将岛上的军政大权分开，圣手王专门负责军队的管理和领导，李明将之称为统帅部，圣手王被封为统帅部主席。本来李明是想要自己的老岳父来干的，毕竟张猛在军中的威望是无可比拟的，但是，虽然现在他和尉迟雄两个人正在为自己训练新兵，可自己的理想抱负和计划都没有对他们说过，他们到底是朝廷中领兵多年的将领，如果知道自己要造反的话不知道会是什么反应，假如到时候他们都反对自己的做法，那他就非常难办了。因此，李明就将这个重担交给了圣手王，而只是任命张猛和尉迟雄为统帅部的总教练，专门负责部队的训练工作，这样也是物尽其用了，不过，真要是到了战争的时候，他们是领兵作战的绝对首选，到了那个时候，恐怕也只有连蒙带骗了。
军队的编制还是按照这个朝代传统的方式来进行，毕竟这是一个冷兵器的时代，自己那个时代的三三制并不适合这里。大规模军团作战的话，还是需要一个好的、严密的阵型。不过，李明还是借鉴了现代军队中的军衔制，虽然这个朝代也有类似军衔的东西，那就是将阶，但是，他们的将阶分得非常复杂，一共有四十五级之多，所以，李明废弃了传统的将阶，而用现代的军衔取而代之。他将军衔分为九级，分别是尉、校、将和元帅，并且将现代军事管理中军衔和职务的关系引申到队伍中去。
至于行政方面，当然要交给高韦了，他可绝对是不二的人选，这种最让李明头痛的工作到了高韦手中简直是轻而易举的事情，所以，李明当然放心了。行政方面还是称为总理署，高韦出任总理大臣。下属农业部、治安部、财政部、和杂务部，具体的部长人选就全部交给高韦了，对于他李明是绝对信任的。
工业方面，李明单独交给了陈浩，虽然以前是一个马车夫，但是自从进入碧泉岛之后他就一直担任领导工作，是一个非常能干的多面手，目前来说还没有人能够取代他，所以，李明当然就交给他了。好在现在碧泉岛的产品都是垄断性的，倒不害怕有什么市场竞
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