危急时刻，墨菲带着尼奥和安妮在矩阵中会见了其他飞船的首领。
到现在为止，观众们发现了一个有趣的现象，那就是真实世界的人类进入矩阵之后，全都会戴上墨镜。
无论是谁！
第一部结束后，大部分观众都觉得这是为了耍帅，装酷，拉风，为了视觉效果。某些心思活络的人则认为墨镜是一种保护程序，为了避免直接被特工认出来。
还有从事电影的工作者认为演员戴上墨镜，可以避免特效合成时复杂的眼神刻画。
反正各说各有理，不过绝大部分人觉得酷就行，管它还有什么乱七八糟的作用。
所以，各大飞船首领会面时，清一色的墨镜装扮并没有让观众们感到意外。似乎，在众人心里，黑客帝国早已被打上一个耍帅装酷的标签。
众人讨论间，锡安的危险处境也呼之欲出。大约在七十二小时后，二十五万只哨兵，也就是类似于八爪鱼的可以浮空的机器人，将会大举进犯锡安。
按照锡安司令的计划，是要召回所有飞船，然后共同抵御。不过有着先知的提醒，墨菲斯觉得尼奥才是拯救人类的关键。
他决定在地底隧道中留下一艘飞船，以备随时和先知联系。然后他带着他的飞船在三十六小时之内回到锡安把电充满了，再返回隧道。
因为，要想入侵矩阵，让意识潜入其中，只能在隧道中，在锡安这座城市是不行的。
很显然，墨菲斯的计划和司令的计划产生了冲突，不过他依然我行我素，决定按照自己的判断来。
与其说他相信先知，不如说相信尼奥强大的，如同传说中救世主一般的能力。
不过，在众人议会期间，特工出现了，而且比以往任何一次都强大。
用主角的话说，那就是升级了！
但这不是最让观众意外的，最不可思议的是雨果这在第一部被主角弄成数据碎片的家伙，竟然复活了......
“我擦，这家伙竟然复活了？而且比以前更加强大？”
“不对，他的耳机被摘掉了，这玩意儿可是他被矩阵控制的关键啊。现在，这个杀毒程序不受控制了？”
“呃.....冤冤相报何时了？”
“不过，为毛会出现两个一模一样的史密斯（雨果）？”
一模一样.....
这是众人最难理解的一个问题。
虽说特工可以入侵其它被矩阵控制的普通
…。。