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正如架构师看穿尼奥一样，尼奥的脑袋里产生一系列化学反应，产生了一系列电信号，最后生成一种可以压倒逻辑和理性的情绪。
简而言之，尼奥被爱情冲昏了头脑。
所以最后，他选择了左边的门，选择了通往矩阵可以寻找安妮而不是通往源头可以拯救人类的门。
而且，在安妮即将砸落在车顶的瞬间，尼奥从天飞过，如同超人一般，将安妮救起。
最后，尼奥挽救了自己的爱情。
但是，人类呢？
他没有回到源头，这样一来，系统的崩溃会杀死所有与矩阵链接的人，而现实世界，机器人大军也会灭掉锡安。
这样一来，人类这个物种就真的灭绝了。
而且死无葬身之地！
之后，尼奥和安妮回到现实世界。刚一回来，屁股还没坐热，机器人大军就找到他们的飞船，并将其摧毁。
逃亡时，尼奥却是无意中感受到在现实世界里，自己也拥有着控制程序的力量。
所以，他一招手，无数机器人仿佛系统出故障一般，倒地不起。
但尼奥自己也晕厥了过去，不知道刚才那一招消耗了他太多的精神力，还是他作为系统的BUG，自身出了故障。
电影的最后一幕，尼奥被赶来救援的飞船带走，在一张病床上，尼奥闭着眼睛，昏迷不醒。
在他的旁边，同样躺在病床上，那个被雨果侵蚀，并来到现实世界的复制体却是悄然动了一下手指。
至此，第二部结束。
矩阵的奥秘被揭晓，但是人类这个物种却是处于被灭绝的境地。
高潮，依然还未完结！