再到明崇祯三年公元1630年叶尔羌阿不都·拉提甫汗，病死王城！死前秘密立叶尔羌阿克苏总督：速檀阿黑麻，为新任汗王，因为他是叶尔羌速檀黑扎木之孙、叶尔羌速檀怗木尔之子。
然而叶尔羌速檀阿黑麻汗，在即位以后就任用了阿克苏的旧臣作为心腹，而拒绝重用其余大臣！这就引起了叶尔羌汗国贵族王公们的不满，从而导致统治集团内部斗争激烈。
二年之后其弟喀什噶尔总督：速檀马合木，就趁机出兵攻占叶尔羌王城，一举拿下都城夺得汗位，致使叶尔羌速檀阿黑麻汗被迫逃归阿克苏。
直到叶尔羌汗国东部的南疆察合台汗国国王：素丹·阿布都拉哈汗，发兵进攻占领阿克苏城打败叶尔羌速檀阿黑麻汗，又直奔叶尔羌王城而来。
毕竟身为叶尔羌汗国治下的藩属国私自出兵是大不敬，不过好在叶尔羌速檀马合木汗比较宽容大度，看在他们替自己打败了自己哥哥的叛军，所以就下令宽恕了这批军队，还给他赏赐了一座城堡在北郊花园汗宫内，以表示他就是自己手下的心腹大将。
但好景不长明崇祯九年公元1636年叶尔羌速檀马合木汗被黑山派领袖：和卓沙迪，密谋杀害在王宫后花园内，听闻消息的叶尔羌前任速檀阿黑麻汗连忙赶回来都城复汗位。
怎奈骄傲自大的叶尔羌速檀阿黑麻汗，与黑山派领袖不和认为他的势力太大，就处处与他作对企图削去他的势力，也因此发生了矛盾。
有自知之明的黑山派领袖当然不甘心被削去势力，所以他就转而去支持南疆察合台：素丹·阿布都拉哈汗，两人在谋划了许久战术之后以东征吐鲁番汗国（此时以灭只是小国）为由让汗王出兵。
待王师出城之后阿布都拉哈汗就趁机攻占喀什噶尔，并封锁叶尔羌王城独立霸占着，让东征之师回国时被袭击兵败，被迫离叶尔羌王城转而前往巴里黑。
之后叶尔羌速檀阿黑麻汗又转去河中地区，投靠伊玛目库里汗，但不幸却死在进攻安集延的战争中。
这样才轮到阿布都拉哈汗继承叶尔羌汗国的汗位，他很有魄力一上位就有效的调配着中央和地方的官员，放逐了一批前朝显贵。
又在喀什噶尔处死与前朝关系密切的有名望人2百名，其中有一些宗教上层人士，也被拉到叶尔羌王城内处死约有1百人左右。
这些措施有力地打击了贵族豪强们的势力，避免了王公贵族以及〈异密〉的擅权，并加强了中央汗权的集中，在巩固了内政之后，叶尔羌阿
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