红后）为了控制病毒不让其外泄到地面上，将蜂巢全部封闭，杀死了研究所里面的所有人。之后，保护伞公司为了得到蜂巢里面的数据，派遣佣兵小队进入蜂巢，并将还未来得及逃离就被红后用神经性毒气放翻的瑞恩以及住在别墅的女主艾丽斯挟裹着进入蜂巢，最终在丧尸跟变异体舔食者的虎口下惊险逃脱的故事。
而剧中最让人大快人心的莫过于瑞恩从神经性毒气中恢复过来，将艾丽斯他们关在房间内独自逃离，最后被舔食者追上，杀死在火车月台上，变成丧尸，然后被艾丽斯一斧子劈死的那一幕了。
而艾丽斯他们从蜂巢中逃出来后就保护伞公司等着外面的人抓住，并封存了蜂巢，不过病毒早已经扩散出来了，末日早已经不可避免。
生化一的剧情大概就是这样，而之后保护伞公司为了阻止病毒的蔓延，直接用核蛋炸毁了浣熊市，但病毒还是一以一种恐怖的速度蔓延了整个地球，整个世界都变成了丧尸的海洋，而之后的剧情基本上都是艾丽斯一边在末日艰苦求生，一边摧毁保护伞公司的种种阴谋，不过这些叶云并不感兴趣，因为他已经来了，而他都已经来了，这个世界怎么可能还会一成不变的按照剧情运转？