碇源渡的计划成功的，不过也失败了，在运送EVA的途中使徒，如预期那般出现了，好强的明日香拉着碇真嗣一同进入了二号机的驾驶舱，驾驶着二号机跟使徒作战。
不过二号机并没有装备有水下作战装备，于是二号机直接被第六使徒，一个外形跟鲸鱼有点类似，一张血盆大嘴长满利齿的使徒吞掉了，再然后他就凉了。
这使徒仗着自己的嘴巴够大，吃东西居然都不带嚼的，于是他就被吞进肚子里的二号机弄死了，不过这个过程中碇真嗣的表现并不是很好，这让明日香对他的印象更差了，在打败使徒之后就直接将她踢出了二号机的驾驶舱。
将碇真嗣踢出驾驶舱之后，明日香一脸傲娇的叉腰看着碇真嗣，高声说道：“碇真嗣，你真是太让我失望了，就你这个样子居然还干掉了第三使徒，我真怀疑是不是发消息的那些人发错了，果然薇前辈才是我的偶像，还有云前辈。”
说到这里，明日香突然停了下来，露出了一幅若有所思的模样，低声自语道：“对了，不知道云前辈有没有女朋友，云前辈这样的才是真正的男子汉，要是能成为他的女朋友…不行，等下就去问问。”
明日香后面这句话虽然比较小声，但碇真嗣离着并不远，再加上周围虽然不是静悄悄的，但除了海浪声也没有什么杂音，所以他还是能听得清楚的，这让他的心情顿时低落了起来，也就是此时，他突然想到了绫波丽，那个无口、无心、无表情的三无少女。
明日香已经将叶云当成追求目标的事情叶云是不知道的，此时的他已经悄然截住了加持，以他现如今的实力，对付加持这种普通人简直不要太简单。
用神识力量暂时控制了加持的叶云打开那个装有亚当的箱子，打开箱子之后他用针管抽取了亚当一管血液，然后用小刀切割下来一小块组织装在另一个试管当中，再然后将箱子锁上，并交回到加持的手上，而这整个过程不超过二十秒，因此当叶云拿着自己想要的东西离开是，加持只是感觉恍惚了一下，就接着赶路了。
加持离开不久，叶云从黑暗当中走了出来，回到了训练室，亚当的血液跟组织已经被他妥善的保存起来放到了储物空间，想要的东西已经拿到了，而也就是此时系统突然告诉他，主神已经开始关注这个世界了，因为他们已经击杀了不止一个使徒，且剧情已经进入中程，所以它要加快入侵速度了。
系统要加快入侵这个世界的速度，叶云没有反对，哪怕这样会消耗更对的能量，但这段时间里系统存储了不
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