在理清楚所有人的关系之前，我先设定一个前提，碇源堂司令是个任人唯亲的性格！
在漫画动画或者TV剧场版里，我们看到的都是明确并且相对简单的人物关系。
以碇源堂为核心，冬月幸增是他的助手和参谋，同时也是他大学时代的老师。
他的妻子碇唯是研究EVA的科学家，应该是当时的首席吧！
有个儿子碇真嗣后来成为EVA的驾驶员。
手下有葛城美里以及副手，加持良治是他的间谍，赤木律子是他的情人兼科学顾问。
绫波丽是他妻子的复制体，渚薰是他本人的复制体。
此外的另三名驾驶员是司令的儿子碇真嗣，真希波玛丽和物流·明日香·兰格丽。
好！人物分类清楚，我开始脑补。
首先，司令有2个孩子，分别是碇真嗣和物流·明日香·兰格丽。
其次，司令还有个妹妹，真希波玛丽。
加持良治和冬月幸增的关系是父子，而葛城美里也是因为是其女友才成为指挥官的。
脑补完毕，下面是理由。
不得不说，碇源堂又或者说六分仪源堂，是个极其聪明，高智商，并且执著的人。
在他得知有个全世界最秘密的科学工程EVA的的时候，他为了和碇唯结婚连姓都该了。
在他参与了之后发生的几次事件都有他的影子。
第二次冲击。是NERV或者说是SEELE做的，为的是用人类的基因让亚当更贴近人类，同时在次基础上有对亚当灵魂的研究，而司令但是正好不在场，应该就是先一步运送走了亚当的灵魂，关于封印灵魂的技术，看看NERV里的那些黑红色墙纸就行了。
在这次事件中，司令用的是他自己的基因，所以渚薰才会叫他爸爸。
2000年，葛城探险队在南极发现的东西是巨大的人形生物，四个光之巨人。
其中一具躯体，被人类基因冲击后成为了*失落之数*的*尼布甲尼撒之钥*。
另三具成为了没有灵魂的躯体，被制造成为初号机，6号机，8号机。
从这个事情中就可以看出，司令对整个人类补完计划是*全身心*的投入的。
碇唯为什么驾驶初号机？因为司令就只相信自己的老婆，可没想到的事情是老婆没了。
这里要提到一点的就是NERV或者说是SEELE对灵魂的研究在进步。
…。。