仍有根多破绽和漏洞，所以下了点工夫，草拟出一个更理想的制度，若能施行，必可达致大治。纵使将来一统天下，亦可应付得来。我的方法简单易行，就是设立三公九卿之制。所谓三公，就是只留一位丞相，为百官之长，主掌政务。然后改左丞相为太尉，专责军务，再在这两职之外设立御史，为大王负责往来文书和监察臣下，丞相、太尉、御史，不相统属，只向大王负责，最终裁决权全归于大王。”
李斯续道：“所谓九卿，大部份都是我大秦原有的官职，只不过职权画分得更清楚。三公只负责辅助政大王治理国务，各方面的具体工作，则由诸卿分管。例如奉赏，是主理宗庙礼仪，下面还有太乐、太祝、太宰、太史、太朴、太医、太令丞等官员；其他郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府等八卿亦莫不如是。像现在的禁卫、都卫、都骑三个系统，改制后将全归于卫尉指挥统理，免了现在各系统互相倾轧之蔽了。”