带着部队去并州上任。皇甫嵩的从子皇甫郦建议皇甫嵩说：“天下兵权，在大人与董卓两人耳。陈仓之战时，董卓两次献策都没有被大人接纳，而事实证明，大人是正确的，董卓是错的，董卓因此已忌恨大人，与大人结下了了怨隙，大人与董卓势不两存。而今董卓违诏，不肯交出部曲，这是逆命，他猜度京都政乱，所以敢拖延时间，按兵不动，这是怀歼，此皆为不能赦免的大罪。大人今为元帅，杖国威以讨之，上显忠义，下除凶害，无不济也。”奈何早在讨冀州黄巾、拒绝阎忠建议他造反之进言时，皇甫嵩就一门心思要当个忠臣，回答说道：“尽管董卓违诏，但不得朝廷批准，‘专诛’亦有责也，不如上奏这件事，由朝廷来裁决”。於是上书朝中。先帝下诏责备董卓，董卓明知先帝病重将死、洛阳局势将乱，却又怎会把先帝的责让当回事儿？遂驻兵河东以观时变。
董卓三次违诏，就是不肯交出兵权，也不肯入朝或去并州为官，挟部曲以怀二志，统重兵而徘徊於京畿，狼顾远眺洛阳政局，他的“野心”是个人都能看得出来，何进又岂会看不出？可时势比人强，为了抗衡越来越强大的士人集团，他也只能借丁原、董卓之兵以壮自家声势。
总而言之，宦官集团内部勾心斗角，“背叛”与“出卖”视为寻常，士人集团内部亦是“合作中存在着斗争”，明面的盟友关系下边实则暗潮汹涌，一切都是为了自身的利益。
宦官集团这边，虽然说随着蹇硕落败身死，随着张让、赵忠等人改变立场，从默许、支持蹇硕拥立董侯刘协为天子到承认现状，试图与何太后、何进合作，“董太后”这个宦官内部的“子集团”实际上已经势微，不值一提了，可董太后毕竟是先帝的生母，其从子董重又是骠骑将军，对何进、士人的权力和利益来说，仍旧是一个潜在的威胁。
故此说，荀贞在看到蹇硕身死，而何进、袁绍等人基本完成了对洛阳驻军的控制之后，他断言说道：董太后危矣！
荀贞说的这个“董太后危矣”，并不是说董太后的生命“危矣”，而是说董太后的权势“危矣”，——说到底，董太后是先帝的生母，先帝刚死，何进、士人就算再胆大包天，定然也是不敢杀董太后的，可不敢杀董太后，却不代表不会把董太后“打入冷宫”。
荀贞推测，何进、士人下一步可能会对董重下手，从而把董太后在朝中的“羽翼”剪除，以此来彻底瓦解董太后在宫中、朝中的权势与影响力，让她从此之后靠边站。
事实也正如他的推测。
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