司马睿见到陶臻很高兴，任命他为参军，并加封陶侃为奋威将军，赐赤幢曲盖轺车及鼓吹，陶侃迫于无奈，和华轶断绝了来往。陶侃阵前倒戈，让华轶元气大伤，夏口一失，江州门户大开。
都城洛阳经常受汉赵（匈奴贵族刘渊建立）的军马侵扰，民变四起，华轶仍有匡扶天下的志向，派人上贡到洛阳时，仍不失臣节。华轶更向使者说即使洛阳的道路断绝，也不该改上贡送给名不正言不顺的琅邪王司马睿，由此得罪了司马睿。
为了以表对皇帝的忠心，华轶不肯接受司马睿的命令，与司马睿的关系更加恶化了。属下大多都劝谏华轶退一步海阔天空，与司马睿合作，而华轶坚持己见，没有采纳部下的意见。
司马睿见华轶不接受自己任命，于是派扬烈将军周访率兵驻屯彭泽，以防备华轶的扩张。周访欣赏华轶忧心天下的热诚，不愿挑起华轶与司马睿的嫌隙，改屯寻阳。
永嘉五年（311年），永嘉之乱发生，匈奴贵族刘渊带兵攻陷了洛阳，掳走了晋怀帝北归。司空荀藩推举司马睿为盟主，于是司马睿承制改易长吏，但华轶不服从。
司马睿找到了出兵的借口，派左将军王敦率领甘卓、周访、宋典、赵诱等人讨伐华轶。华轶派别驾陈雄驻屯彭泽抵抗，自己则领水军作为外援。
两军交战之后，武昌太守冯逸在湓口被周访击败。前江州刺史卫展没有受到华轶的重视，心中久有不满，决定与豫章太守周广作为司马睿内应，暗中派军袭击华轶。华轶兵败，逃到安城，周广追击并斩杀了华轶与他的五个儿子。
陶侃虽然没有出兵直接攻打华轶，但也算是立了大功，升为龙骧将军、武昌太守。陶侃关键时候背叛了华轶，并没有受到世人的指责，为了家族利益，与士族结盟以成为了一种风气，更何况陶侃这一次站队确实站对了！
驻守武昌后，饥荒仍在蔓延，山中蛮贼常拦截长江上船只抢劫。陶侃令部下诸将假扮商船引诱山贼，山贼果然前来，活捉了数人，结果审问，得知他们原来他们是西阳王司马羕的部下。
陶侃派兵逼司马羕交出盗贼，自己带兵在钓台列阵以为后继。司马羕只好把帐下二十人绑送出来，陶侃将他们斩杀，从此水陆交通安全畅通。返家的逃亡者络绎不绝，陶侃竭尽财力资助他们安家定居，又在郡东设立与夷人交易的市场，大收其利。
司马睿虽占据江州，但上游荆、湘两州的大部分地区为杜弢率领的流民起义军所占据。司马睿派陶侃击杜弢，命振威将军周访、
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