部这次也是被力天使攻击地损失惨重，进入了转移重建过程当中。
而初号机那边……
却是在那一战后，撕碎了拘束器的同时，又身上变得伤痕累累的。
但NERV总部似乎还是控制住了它，帮它用大量巨大的绷带包扎了起来，并且拘束在了机甲库内。
整个头部只露出眼睛和嘴巴，其他地方都是血淋淋的绷带，这看起来有些渗人。
不过它却因此获得了力天使的S2机关，这能让它获得了无尽能源，不再依赖人类的电力启动。
但是……
最为关键的却是插入栓无法弹出，同时最可怕的是，碇真嗣也没有回应，因为已经被融入到初号机的体内了。
融入……初号机的体内，这可真是太渗人了。
美里自然接受不了，想尽办法可是都救不出碇真嗣。
而在初号机内的碇真嗣，却是经历了一系列幻境。
有他认识的所有人，包括父亲碇源堂、明日香、绫波丽，以及……一直像大姐姐一样照顾他的美里。
甚至到了最后，他在那“陌生的天花板”中看到了……
母亲当初给他哺乳的那个模糊画面。
但最终在30天后，碇真嗣的肉身才重新出现……