后世里最有名的东印度公司有两家，英国（大不列颠）东印度公司与荷兰（联合）东印度公司。两家成立的年代前后脚，英国东印度公司稍早，成立于1600年。荷兰东印度公司稍晚，成立于1602年。
目的也差不多，最初都是为了开辟海上贸易航线，占据更多的香料产地，获得更多利润。但在组织结构和运作方面，虽然都有各自国家政府的授权与参股，却有着明显的差异。
英国东印度公司更像是后世的上市公司，股东每投入500英镑就获得一票投票权。每年4月公司召开股东大会，投票选举24名董事组成董事会，由董事会选出总裁和副总裁。
荷兰东印度公司则是个纯粹的非上市私营公司，不发行股票也没有固定的总部。它由阿姆斯特丹、泽兰、霍伦、恩克赫伊曾、代尔夫特和鹿特丹六座城市里的商会联合组成，各地商会自行选派董事管理公司，共计60名。
这些董事是终身制的，阿姆斯特丹20个名额、泽兰12个、其它四座城市各7个。在日常经营活动中，再从这60名董事中选择17名组成董事会进行具体决策，称为17人会议，董事会每年不定期召开。
而六座城市的商会就是公司的六个分部，由各自分部的董事负责，只有设在海牙的通信事务局是由17人会议直接领导的。
在1610年，荷兰东印度公司又增加了印度事务局和委员会，总部设立在雅加达，后来改名为巴达维亚。印度事务局与之前的六个分部是平级，直接听命于17人会议。
万一公司出现了亏损，就要从60名董事的出资中扣除，扣完为止。每位董事最少出资6000荷兰盾，荷兰政府通过授权入股，折合25000荷兰盾。
授权总共有五项内容：第一、可以发动对其它国家的战争；第二、可以抓捕拘禁审判犯人；第三、可以代表荷兰政府与其它国家政府进行谈判；第四、货币发行权；第五、建立殖民地和军事要塞并拥有武装。
由此看来，科恩在亚洲基本就等于东印度公司和荷兰政府的代理人，既可以发动战争又能建立殖民地、设立法庭、组建军队，除了每年要给17人会议交几份报告之外，独断专行的权力极大。
但本想用手中权力大干一番的科恩近来有些麻烦，烦恼来自北方的大明。荷兰东印度公司和联省共和国的敌人，西班牙王国的殖民地菲律宾，突然间被大明皇帝派遣海军攻占。
随着时间的推移，有关马尼拉战役的细节慢慢从来巴达维
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